닌텐도는 플랫폼 장르의 선구자였지만, 그 공식에는 항상 '폭력'이 어느 정도 내포되어 있었습니다. 초대 슈퍼 마리오 브라더스 게임에서 플레이어가 가장 먼저 하게 되는 행동 중 하나가 바로 굼바를 밟는 것이죠. 요시 시리즈는 대개 닌텐도의 타겟 층 중에서도 연령대가 낮은 편에 속했지만, 지금까지는 여전히 (부드러운 분위기일지언정) 전통적인 플랫폼 게임의 틀을 유지해 왔습니다. 하지만 요시의 차기작인 *요시와 신비한 책(Yoshi and the Mysterious Book)*은 너무나도 평화로운 나머지 전투를 거의 완전히 없애버렸습니다. 게임에서 죽을 일도 없고, 적을 물리칠 필요도 거의 없습니다. 대신 닌텐도는 그 자리에 창의적인 플레이에 초점을 맞춘 독창적이고 새로운 재미 요소를 채워 넣었습니다.
제목에 등장하는 '신비한 책'의 정체는 바로 이 땅에 서식하는 모든 동식물을 기록한 살아있는 백과사전, '미스터 엔사이클로피디어(Mister Encyclopedia)', 줄여서 '미스터 E'입니다. 그의 페이지들이 모두 백지로 변해버렸고, 그는 요시들에게 내용을 복구해달라고 도움을 청합니다. 이러한 설정 덕분에 플레이어의 임무는 오로지 조사와 관찰에 집중되며, 게임의 진행 방식 또한 매우 평화롭고 유쾌해졌습니다.
조사를 돕기 위해 요시의 2D 액션은 평소보다 더욱 다채로워졌습니다. 여전히 혀로 물건을 잡을 수 있지만, 이제는 모든 방향으로 혀를 뻗을 수 있습니다. 오른쪽 스틱을 사용해 알을 조준할 수 있으며, 공중에서 파닥거리며 뛰는 '플러터 점프'를 거의 무한정 사용할 수 있어 일정한 높이를 계속 유지할 수 있습니다(단, 계속해서 더 높이 올라갈 수는 없습니다). 또한 꼬리 휘두르기 기술을 사용해 다른 생물을 등에 태우거나 교체할 수도 있습니다. 플레이어는 언제나 요시로 플레이하지만, 등에 누구를 태우느냐에 따라 다양한 효과가 나타납니다. 이러한 능력들을 갖춘 채 책을 펼쳐 페이지를 들여다보고, 미스터 E의 외알 돋보기를 사용해 조사하고 싶은 생물의 서식지를 찾아낼 수 있습니다. 그러고 나면 선택한 요시가 책 속으로 뛰어들어 본격적인 탐색을 시작하게 됩니다.