메트로이드 프라임 4: 비욘드는 사무스가 연방군을 돕기 위해 거대한 전투에 참전하면서 시작됩니다. 헤일로 게임에 나와도 어색하지 않을 법한 액션으로 가득 찬 공상 과학 스펙터클은 메트로이드 시리즈의 매우 다른 접근 방식을 예고합니다. 하지만 이는 전통적인 메트로이드 프라임 게임에서 어느 정도 벗어났음을 정확히 보여주는데, 특히 연방 캐릭터들과의 상호작용 및 전투에 더 큰 비중을 두었음에도 불구하고, 프라임 4의 대부분은 프라임 시리즈의 강점을 잘 살린 훌륭하게 만들어진 속편입니다. 결과적으로 프라임의 기본기를 탁월하게 포착한 만족스러운 오랜만의 복귀작이지만, 새로운 아이디어를 실험할 때는 호불호가 갈립니다.
오프닝 튜토리얼 역할을 하는 이 거대한 전투는 연방과 실럭스(주인공 사무스 아란의 라이벌로, 이전에도 등장했지만 이렇게 전면에 나선 적은 없었다)가 이끄는 느슨한 연합의 스페이스 파이러츠 간에 벌어집니다. 실럭스는 어떻게든 메트로이드를 조종하고 있지만, 당장은 연방의 주된 관심사는 실럭스 군대가 고대 유물을 차지하기 전에 확보하는 것입니다. 그 임무에서 상황이 극도로 잘못되자, 유물은 사무스를 뷰로스라는 행성으로 전송합니다. 뷰로스는 수많은 해 전에 람론이라는 지성체가 사라진 죽어가는 행성입니다. 사무스는 빠르게 '정신 수정(Psychic Crystal)'을 발견하고, 이를 통해 람론 기술과 상호작용할 수 있는 능력을 얻습니다. 사무스만 있는 것이 아니라는 사실이 드러납니다. 실럭스 역시 연방 기술 및 인력 일부와 함께 이곳으로 전송된 것으로 보입니다. 탈출구를 찾지 못한다면, 여러분 모두 이 죽어가는 행성에 함께 갇힌 셈입니다.
하지만 기록에 따르면 람론족은 정신 수정을 지닌 자를 '선택받은 자(Chosen One)', 즉 어느 면에서는 자신들의 구원자로 여깁니다. 람론족을 구할 수는 없지만, 그들은 자신들의 역사와 문화를 보존하기를 원했고, 그래서 '선택받은 자'가 '마스터 텔레포터(Master Teleporter)'의 도움을 받아 행성 밖으로 가져갈 '기억의 열매(Memory Fruit)'를 준비했습니다. 이 이야기의 측면은 적절하게도 애잔합니다. 람론족을 구할 수는 없지만, 그들에게 가장 중요했던 것을 보존할 수는 있습니다. 따라서 여러분의 임무는 두 가지입니다. 기억의 열매를 다른 세계로 운반하고, 그렇게 함으로써 여러분과 다른 조난당한 연방군을 구할 수 있는 그들의 순간 이동 기술에 접근하는 것입니다. 이제 비디오 게임 모험이 시작됩니다.