STS-98은 2001년 2월 미국 항공우주국(NASA)이 수행한 우주왕복선(스페이스 셔틀) 임무로, 우주왕복선 애틀랜티스(Atlantis)호를 사용하여 국제우주정거장(ISS)에 미국산 실험 모듈인 데스티니(Destiny) 연구실을 운반·설치한 임무이다. 이는 21세기 최초의 유인 우주 비행 발사로 기록되었다.
STS-98은 2001년 2월 7일 케네디 우주센터의 발사 패드 39A에서 발사되었으며, 임무 기간은 12일 21시간 21분이었다. 승무원은 사령관 케네스 코크렐(Kenneth D. Cockrell), 파일럿 마크 폴란스키(Mark L. Polansky), 미션 스페셜리스트 로버트 컬빔(Robert L. Curbeam), 마샤 아이빈스(Marsha S. Ivins), 토머스 존스(Thomas D. Jones) 등 총 5명으로 구성되었다.
임무의 핵심 목표는 길이 약 8.5m, 직경 약 4.3m의 알루미늄제 데스티니 실험 모듈을 ISS에 설치하는 것이었다. 데스티니 모듈은 보잉(Boeing)사가 미추드 조립 시설과 마셜 우주비행센터에서 제작한 것으로, 스카이랩(Skylab) 이후 약 30년 만에 미국이 영구적으로 사용한 최초의 NASA 실험실이었다. 승무원들은 셔틀의 로봇 팔(캐나암)을 이용해 모듈을 화물칸에서 꺼내 ISS 노드 1의 전방 해치에 영구적으로 결합하였다.
임무 기간 동안 총 3회의 우주 유영(EVA)이 수행되었으며, 이 중 첫 번째 유영은 미국 우주비행 역사상 100번째 우주 유영으로 기록되었다. 유영 중에는 데스티니 모듈의 전력·데이터 케이블 연결, 압력 결합 어댑터(PMA-2) 재배치, 예비 통신 안테나 설치 등의 작업이 이루어졌다. 셔틀은 ISS에 6일 21시간 14분 동안 도킹되어 있었다.
STS-98은 2001년 2월 20일 에드워즈 공군기지의 활주로 22에 착륙하여 모든 임무 목표를 완수한 채 안전하게 귀환하였다. 이 임무는 우주왕복선 프로그램의 102번째 비행이자 애틀랜티스호의 23번째 비행이었다.
한편, STS-98이라는 명칭은 1998년 영화 《아마겟돈(Armageddon)》에서 소행성 파괴를 목적으로 한 가상의 NASA 임무 명칭으로도 사용된 바 있다.