2006년 일본 자유민주당 총재 선거는 2006년 9월 20일에 실시된 일본 자유민주당(LDP)의 당 대표(총재)를 선출하기 위한 선거이다. 제21대 자유민주당 총재 선거로, 당시 현직 총리대신이자 당 총재였던 고이즈미 준이치로의 임기 만료에 따라 실시되었다.
선거 배경 고이즈미 준이치로 총재가 2001년 당선 이후 5년여간 재임하며 우정 민영화 등 구조개혁을 추진한 뒤, 2006년 9월 임기 만료를 앞두고 불출마를 선언함에 따라 차기 총재를 선출하기 위해 시행되었다.
주요 후보 선거에는 다음 세 명의 의원이 입후보하였다.
- 아베 신조 (당시 내각관방장관, 마쓰다이라파(마치무라파) 소속)
- 아소 다로 (당시 외무대신, 이쿠다파(아소파) 소속)
- 다니가키 사다카즈 (당시 재무대신, 고가파(다니가키파) 소속)
선거 방식 및 결과 자유민주당 총재 선거는 국회의원(중의원·참의원 의원) 투표와 당원·당우 투표를 합산하여 과반수를 얻으면 당선되는 방식이다. 1차 투표에서 과반수 득표자가 없으면 상위 2명을 대상으로 결선 투표를 실시한다.
2006년 9월 20일 투개표 결과, 아베 신조 후보가 국회의원 표 297표, 당원·당우 표 169표(환산)를 합쳐 총 466표(유효표 702표 중 과반수 352표)를 획득하여 1차 투표에서 과반수를 넘겨 제21대 총재로 당선되었다. 아소 다로는 136표, 다니가키 사다카즈는 102표를 얻었다.
의의 및 이후 상황 아베 신조는 당선 직후인 9월 26일 제90대 내각총리대신으로 지명되어 제1차 아베 내각을 발족시켰다. 당시 52세로 제2차 세계대전 후 최연소 총리이자, 전후 출생자로는 첫 총리대신이 되었다. 이 선거는 '포스트 고이즈미' 구도를 정리하고, 보수 본류로 평가받던 아베가 당내 기반을 다져 정권을 계승했다는 점에서 일본 정치사에서 중요한 전환점으로 기록된다.
