12번 염색체(十二番染色體, 영어: chromosome 12)는 사람의 23쌍의 염색체 중 하나이다. 사람은 일반적으로 이 염색체를 2개 가지고 있으며, 하나는 아버지에게서, 하나는 어머니에게서 물려받는다. 12번 염색체는 상염색체에 속하며, 동원체의 위치는 서브메타센트릭(submetacentric) 형태이다.
12번 염색체는 약 1억 3,324만 개의 염기쌍(base pair, bp)으로 구성되어 있으며, 이는 세포 내 전체 DNA의 약 4.0~4.5%를 차지한다. 12번 염색체에는 약 988개의 유전자(CCDS 기준)가 위치하는 것으로 알려져 있다.
12번 염색체에는 호메오박스(homeobox) C 유전자 클러스터가 포함되어 있으며, 이는 발생 과정에서 신체 구조의 패턴 형성에 중요한 역할을 한다. 또한 12번 염색체에 위치한 유전자들은 다양한 유전 질환 및 암과 연관되어 있다. 예를 들어, 12번 염색체의 특정 부위의 이상은 일부 백혈병 및 육종과 관련이 있는 것으로 보고되었다.
12번 염색체의 전체 DNA 서열은 RefSeq(NC_000012) 및 GenBank(CM000674)를 통해 확인할 수 있으며, Ensembl, NCBI, UCSC 등의 유전체 데이터베이스에서 상세 유전자 지도가 제공되고 있다.