히토요시시(일본어: 人吉市, Hitoyoshi-shi)는 일본 구마모토현 남부에 위치한 도시이다. 규슈 산지로 둘러싸인 히토요시 분지에 자리하고 있으며, 구마강(球磨川)이 시의 중심부를 동쪽에서 서쪽으로 가로지른다. 구마모토시에서 직선 거리로 약 70km 남쪽에 위치하며, 남쪽으로는 미야자키현 에비노시 및 가고시마현 이사시와 접한다. 시역 면적은 210.55km²이며, 2024년 8월 기준 추계 인구는 약 29,842명이다.
역사적으로 가마쿠라 시대 초기인 1193년에 사가라 씨(相良氏)가 히토요시의 지토(地頭)에 임명된 이후, 메이지 시대의 폐번치현까지 약 700년간 사가라 씨의 통치가 이어졌다. 에도 시대에는 히토요시번(人吉藩)의 성시(城下町, 조카마치)로 번창하였으며, 중심부에는 옛 성시의 상점가가 남아 있어 '작은 교토(小京都)'로 불리기도 한다. 1862년 화재로 히토요시성과 성시의 대부분이 소실되었다. 1889년 정촌제 시행으로 히토요시정이 성립하였고, 1942년 2월 11일 주변 3개 촌과 대등 합병하여 히토요시시가 설립되었다.
기후는 습윤 아열대 기후(Cfa)로, 내륙 분지라는 지형적 특성으로 인해 연교차가 현저하다. 여름철은 최고 기온 30℃ 이상의 폭염일이 많고, 겨울철은 최저 기온이 영하로 떨어지는 한파일이 잦다. 연평균 강수량은 약 2,500~3,000mm로 비가 매우 많다. 특히 겨울철 맑은 날 아침에는 짙은 안개가 발생하는 빈도가 높아 일본 내에서도 안개 발생일수 최상위를 다툰다.
경제적으로는 히토요시·구마 지방의 상업 및 교통 중심지이며, 주요 산업은 관광업, 농업, 그리고 주조(酒造)업이다. 히토요시는 구마모토현 히토요시 지역과 구마군에서 생산되는 쌀 소주인 '구마 소주(球磨焼酎)'의 본고장으로, 1994년 세계무역기구(WTO)로부터 지리적 표시(GI) 지위를 인정받았다. 시내에는 28개의 양조장이 있다.
교통으로는 JR 규슈 히사츠선이 지나며 중심역은 히토요시역이다. 또한 구마가와 철도 유노마에선이 시내를 경유한다. 고속도로는 규슈자동차도가 지나며 히토요시 나들목이 위치한다. 주요 국도로는 219번, 221번, 267번, 445번 국도가 있다.
관광 명소로는 국가 사적지로 지정된 히토요시성터(人吉城跡), 아오이 아소 신사(青井阿蘇神社), 히토요시 온천 등이 있다. 구마강에서는 전통 나룻배 유람과 여름철 래프팅이 유명하다. 대중문화 측면에서는 애니메이션 《나츠메 우인장》의 배경이 된 곳으로 알려져 있으며, 또한 비주얼 노벨 게임 《Rail Romanesque》의 배경이 된 '오히토요' 마을의 모티브이기도 하다.
