후지타 마코토(藤田 誠, 1957년 ~ )는 일본의 화학자로, 현재 도쿄 대학교 대학원 공학계 연구과 교수로 재직 중이다. 주전공 분야는 초분자 화학 및 착합체 화학이다.
그는 전이 금속 이온과 유기 분자 사이의 배위 결합력을 이용하여 유기 분자들이 스스로 복잡한 3차원 구조체를 형성하도록 유도하는 '배위 구동 자기조립(Coordination-driven self-assembly)' 원리를 개척하였다. 이를 통해 정교한 분자 다면체나 거대 고리 구조 등을 합성하는 분자 설계 기법을 확립하였다.
특히 2013년경 발표한 '결정 스펀지법(Crystalline Sponge Method)'으로 널리 알려져 있다. 이 기술은 결정화가 어려운 미량의 액체나 오일 형태의 화합물을 다공성 금속-유기 골격체(MOF) 내부에 흡수시켜 고정함으로써, X선 결정 구조 분석을 통해 해당 화합물의 구조를 규명할 수 있게 한 혁신적인 방법론이다.
이러한 공로를 인정받아 2018년 울프 화학상을 수상하였으며, 매년 유력한 노벨 화학상 후보 중 한 명으로 거론되고 있다. 그의 연구는 유기 화학, 재료 과학, 생물학적 시스템 모방 등 광범위한 화학 분야에 영향을 미치고 있다.