홀리루드 사원(Holyrood Abbey)은 스코틀랜드 에든버러에 위치했던 중세 사원(수도원)이다. 1128년 스코틀랜드 왕 데이비드 1세(David I)에 의해 설립되었으며, 정식 명칭은 홀리루드하우스 사원(Holyrood Abbey)이다. '홀리루드(Holyrood)'라는 명칭은 '거룩한 십자가(Holy Cross)'를 의미하는 고대 영어에서 유래한 것으로, 스코틀랜드 왕실과 깊은 연관을 가진다.
이 사원은 아우구스티누스 수도회 소속으로 건립되었으며, 중세 시대 스코틀랜드 왕실의 종교적 중심지 역할을 하였다. 15세기부터는 스코틀랜드 국왕들의 거주지로 사용되기 시작하면서 사원 인접 지역에 궁전이 증축되었다. 현재 사원 건물 자체는 폐허 상태로 남아 있으며, 그 자리에는 홀리루드 궁전(Palace of Holyroodhouse)이 세워져 있다. 홀리루드 궁전은 영국 왕실의 스코틀랜드 공식 주거지로서 현재까지 사용되고 있다.
건축 양식으로는 고딕 양식의 요소가 남아 있으며, 폐허가 된 사원의 잔해는 홀리루드 궁전 부지 내에서 관람이 가능하다. 스코틀랜드의 대표적인 역사 유적지 중 하나로, 에든버러의 로열 마일(Royal Mile) 최하단에 위치해 있다.