혼다 고타로(일본어: 本多 光太郎, 1870년 2월 23일 ~ 1954년 2월 12일)는 일본의 금속공학자이자 발명가이다. 일본 아이치현 오카자키시에서 태어났으며, 도쿄 제국대학 이과대학 물리학과를 졸업하고 나가오카 한타로의 가르침을 받았다. 이후 독일과 영국으로 유학하였고, 1911년 도호쿠 제국대학(현 도호쿠 대학) 이과대학 물리학과 교수로 임용되었다.
혼다 고타로는 1915년에 가열 과정에서 화학반응을 측정할 수 있는 '혼다식 열저울'을 개발하였다. 1917년에는 텅스텐 강철보다 자기 저항이 약 3배 더 강한 KS강을 발명하였고, 1934년에는 신KS강을 발명하였다. KS강과 신KS강은 당시 세계 최강의 영구자석으로 평가되었다. 이후 철강을 개량한 NKS강도 개발하였다. 이들 합금의 명칭은 연구비를 지원한 기업인 스미토모 기치자에몬에서 유래하였다.
1931년부터 도호쿠 제국대학 총장을 역임하였고, 1932년에는 일본 출신 물리학자로는 최초로 노벨 물리학상 후보에 올랐으나 수상자로 선정되지는 않았다. 1937년 일본 정부가 문화훈장을 제정하였을 때 최초 수훈자 중 한 명이 되었다. 1931년에는 미국 프랭클린 연구소의 엘리엇 크레슨 메달을 수상하였다. 1940년에는 고아 공과대학(현 지바 공과대학) 설립에 참여하였고, 1949년부터 도쿄 이과대학 초대 총장을 역임하였다.
1954년 2월 12일 도쿄도 분쿄구에서 향년 83세로 사망하였으며, 사후 훈1등 욱일대수장이 추서되었다. 1985년 일본 특허청은 혼다 고타로를 일본 10대 발명가 중 한 명으로 선정하였다. 2016년에는 그가 개발한 열저울이 분석기기·과학기기유산으로 지정되었다.
한편, 동명이인으로 2006년 5월 20일 가나가와현에서 태어난 일본의 축구 선수 혼다 고타로(本多 康太郎)가 존재한다. 이 선수는 포지션이 수비수이며, 쇼난 벨마레 소속으로 2023년 FIFA U-17 월드컵에 일본 U-17 국가대표팀으로 참가한 경력이 있다.
