혼노지(일본어: 本能寺, Honnō-ji)는 일본 교토부 교토시 나카교구에 위치한 불교 사원이다. 법화종 본문류(法華宗本門流)의 중심 사찰이며, 본존(本尊)은 십계만다라(十界曼荼羅)이다.
1415년에 혼오우지(本応寺)라는 이름으로 창건되었으며, 이후 니치렌 종파의 사찰로 발전하였다. 현재의 혼노지는 총 7회의 재건을 거쳐 현재의 모습에 이르렀으며, 처음에는 다른 위치에 있었다가 1591년 도요토미 히데요시의 명으로 현재의 위치로 이전되었다. 경내에는 혜승원(恵昇院), 연승원(蓮承院), 정성원(定性院), 고준원(高俊院), 본행원(本行院), 원묘원(源妙院), 용운원(龍雲院) 등 7개의 작은 절이 있다.
혼노지는 역사적으로 1582년(덴쇼 10년) 음력 6월 2일(양력 6월 21일)에 발생한 '혼노지의 변(本能寺の変)'으로 널리 알려져 있다. 이 사건은 오다 노부나가(織田信長)의 가신이었던 아케치 미쓰히데(明智光秀)가 모반을 일으켜, 교토의 혼노지에 머무르고 있던 주군 오다 노부나가를 습격한 사건이다. 당시 노부나가는 약 100여 명의 측근만을 대동하고 혼노지에 머물고 있었으며, 아케치 미쓰히데는 약 13,000명의 군사를 이끌고 혼노지를 포위 공격하였다. 노부나가는 이 자리에서 자결(세푸쿠)한 것으로 알려져 있다. 이 사건은 일본 전국시대의 흐름을 급변시킨 중대한 사건으로 평가된다.
혼노지 경내에는 오다 노부나가의 묘가 조성되어 있으며, 사찰은 일본의 중요문화재로 지정되어 있다. 또한 사찰이 소장한 서적·전적·고문서 중 일부는 일본의 국보로 지정되어 있다.
