혼고산초메역(일본어: 本郷三丁目駅, ほんごうさんちょうめえき)은 일본 도쿄도 분쿄구에 위치한 철도역이다. 도쿄 메트로 마루노우치선과 도쿄도 교통국 오에도선의 환승역이며, 역 번호는 마루노우치선이 M 21, 오에도선이 E 08이다.
마루노우치선은 1954년 1월 20일에 영업을 개시하였고, 오에도선은 2000년 12월 12일에 영업을 개시하여 환승역이 되었다. 두 노선은 같은 역명을 사용하지만 지하 통로로 직접 연결되어 있지 않아 환승 시 지상으로 나가야 하며, 인근의 가스가역(고라쿠엔역)에서 환승하는 것이 더 편리한 것으로 알려져 있다.
역 구조를 살펴보면, 마루노우치선은 상대식 승강장 2면 2선의 지하역으로 역사와 개찰구는 지상에 있다. 2006년에 스크린도어가 설치되었다. 오에도선은 섬식 승강장 1면 2선의 지하역으로, 역사와 개찰구는 마루노우치선과 달리 모두 지하에 위치한다.
역 주변에는 도쿄 대학, 유시마 텐만궁, 일본 축구 협회, 도요 가쿠엔대학, 국도 제17호선 및 제254호선 등이 있다. 소재지는 도쿄도 분쿄구 혼고 2초메이며, 역명은 이 지역의 주소명(혼고 3초메)에서 유래하였다.
