한일역사공동연구위원회(韓日歷史共同硏究委員會)는 2001년 10월 한일정상회담에서 역사 문제에 관한 공동연구를 추진하기로 합의됨에 따라 설립된 양국 간 학술 공동연구 기구이다. 일본어 명칭은 '일한역사공동연구위원회(日韓歴史共同研究委員会)'이다.
발족 배경은 일본의 역사교과서 왜곡 문제에 대응하고, 양국 역사학자들이 공동으로 역사 인식의 차이와 공통점을 학술적으로 확인하기 위한 목적에서 비롯되었다. 2002년 5월 제1기 위원회가 정식 발족하였고, 2005년 6월까지 3년간 활동한 후 결과보고서를 공개하였다. 제1기 활동 종료 후인 2005년 6월 한일 정상회담에서 제2기 위원회 설립이 합의되었고, 2007년 6월 제2기 제1차 전체회의를 개최하며 공식 재개되었다.
조직 구성상 양국에 각각 공동위원장이 있으며, 한국 측은 조광(고려대학교 교수), 일본 측은 도리우미 야스시(도쿄대학교 명예교수)가 역임하였다. 산하에 분과위원회가 설치되었는데, 제1기에는 고대사 분과, 중근세사 분과, 근현대사 분과로 구성되었고, 제2기에는 여기에 교과서 분과(소그룹)가 추가로 신설되었다.
제1기 보고서(2005년)는 고대사, 중근세사, 근현대사 각 분과별로 양국 학자들의 논문과 좌담회 기록을 수록하였다. 주요 쟁점으로는 임나일본부설, 왜구의 구성 문제, 조선통신사의 성격, 임진왜란(문록·경장의 역), 을사늑약 및 한일병합조약의 유효성 문제, 일제 식민지배의 성격(식민지 근대화론과 수탈론), 강제동원 문제 등이 다루어졌다.
제2기 보고서(2010년)는 제1기와 동일한 세 분과에 더해 교과서 소그룹의 연구 성과를 포함하여 공개되었다. 제2기에서는 고대사 분과의 경우 3세기 이전, 4~6세기, 7~9세기로 시기를 세분화하여 연구가 진행되었다. 일본 외무성에 따르면 제2기 위원회는 한국 측 16명, 일본 측 16명의 연구위원 및 연구협력자로 구성되었다.
제1기와 제2기 모두에서 양국 학자들은 고대사의 일부 쟁점(예: 임나일본부설의 부정, 왜구 구성원 문제)에서 합의점을 찾기도 하였으나, 근현대사 영역, 특히 식민지 지배의 성격과 강제성 문제에서는 뚜렷한 시각차를 좁히지 못하고 각자의 입장을 병기하는 방식으로 보고서가 작성되었다. 연구 결과물은 정부 기관, 대학, 도서관 및 교과서 집필자에게 배포되어 참고 자료로 활용되도록 하였다.
제2기 종료 이후 제3기 위원회는 아직 개최되지 않고 있는 상태이다. 해당 위원회의 연구 성과와 활동 기록은 동북아역사재단(한국) 및 공익재단법인 일한문화교류기금(일본)을 통해 공개되어 있다.
