한국과학사학회(韓國科學史學會, The Korean History of Science Society, 약칭 KHSS)는 대한민국의 과학사 연구 학술단체이다. 1960년 7월 16일 서울대학교 의과대학에서 창립되었으며, 초대 회장은 의사학자 김두종(金斗鍾)이 맡았다. 창립 회원은 대부분 역사에 관심이 많은 과학자들이었으며, 『조선과학사』의 저자 홍이섭(洪以燮)과 과학사를 전공으로 내세운 박익수(朴益洙)도 포함되었다.
초창기에는 학술강연회 개최, 과학사 강좌 설치, 과학박물관 재건 등을 추진하였으나 집행부의 신변 변화를 계기로 1963년 이후 활동이 사실상 정지되었다. 이후 1972년 재건총회를 열어 학회를 재정비하였고, 금속활자(1972), 첨성대(1973·1979·1981), 지전설(地轉說, 1975), 거북선(1976) 등 한국 과학사의 주요 쟁점을 주제로 한 토론회를 개최하여 사회와 학계의 주목을 받았다. 서양과학사 분야에서도 코페르니쿠스 탄생 500주년(1973), 아인슈타인 탄생 100주년(1979), 다윈 100주기(1982) 등을 기념하는 학술발표회를 진행하였다.
1977년 전국역사학대회, 1980년 한국과학기술단체총연합회(과총)에 가입하여 과학사가 역사학계와 과학계 모두에서 인정받는 학문 분야로 자리잡는 데 기여하였다. 1979년에는 과학사 분야의 전문 학술지인 『한국과학사학회지』를 창간하였으며, 현재 한국연구재단 등재 학술지(KCI)로서 과학사, 기술사, 의학사 분야의 학술 논문을 게재하고 있다. 2011년부터는 연 3회 발간하며 그중 한 번을 영문호 『The Korean Journal for the History of Science』로 발행하고 있다.
1990년대 이후 한국과학철학회, 한국과학기술학회 등 관련 학회가 독립적으로 결성되면서 회원 규모는 1990년대 초 약 400명에서 2011년 기준 약 300여 명(이 중 약 170명이 영구회원)으로 축소되었으나, 학술 활동의 수준은 더욱 심화·다양화되었다. 연구 경향도 한국 전통 과학사에 편중되던 것에서 점차 한국의 근현대 과학사, 서양 과학사로 확장되었다.
국제 활동으로는 1974년 제14회 국제과학사회의(일본 도쿄·교토)에 처음 참석한 이래 매회 회원을 파견하였고, 1981년 국제과학사·과학철학연합(IUHPS)에 B범주로 가입하였다. 1996년에는 제8회 국제동아시아과학사회의(ICHSEA)를 성공적으로 개최하였으며, 국제동아시아과학기술의학사학회(ISHEASTM)의 회장 및 주요 임원을 배출하는 등 국제 학계에서의 위상을 높였다. 일본 과학사학계와도 1981년부터 한·일 과학사 세미나를 정기적으로 개최하며 긴밀한 협력 관계를 유지하였다.
공식 웹사이트는 www.khss.or.kr이며, 현재도 매년 춘계 및 추계 정기 학술대회를 개최하고 있다.
