하코다테부(箱館府)는 메이지 유신 직후인 1868년(게이오 4년/메이지 원년) 8월 2일에 일본 메이지 신정부가 설치한 행정 구역이다. 당시 신정부는 에도 막부의 직할령을 접수하여 중요 지역에 부(府)를 설치하였는데, 하코다테는 교토와 함께 최초로 부로 지정된 지역 중 하나였다. 이는 하코다테가 당시 개항 5항(하코다테·나가사키·요코하마·고베·니가타) 중 하나로서 국제 무역항이자 북방 방위의 요충지였기 때문이다.
하코다테부는 현재의 홋카이도 하코다테시 일대를 관할하였다. 그러나 존속 기간은 약 1년여에 불과했다. 1869년(메이지 2년) 9월 29일, 태정관 포고에 따라 교토부·도쿄부·오사카부만 부로 존치되고 하코다테부는 현(県)으로 전환되었다. 같은 해 7월에는 홋카이도 개척을 전담하는 관청인 개척사(開拓使)가 설치되었고, 하코다테현을 거쳐 1882년 개척사가 폐지된 후에는 하코다테현·삿포로현·네무로현으로 분할되었다가, 1886년 홋카이도청(北海道庁)으로 통합되었다.
하코다테부는 현재의 일본 도도부현 체계에서 부(府)가 교토부와 오사카부 두 곳만 남게 된 역사적 과정에서, 초기에는 더 많은 부가 존재했음을 보여주는 사례 중 하나이다.
