프로토스테가(Protostega)는 약 8350만 년 전 백악기 후기에 살았던 멸종된 바다거북이다. 속명의 뜻은 고대 그리스어로 '첫 번째'를 의미하는 '프로토스(πρῶτος, protos)'와 '지붕'을 의미하는 '스테게(στέγη, stegē)'의 합성어로, '첫 번째 지붕'이라는 의미를 지닌다.
화석 잔해는 미국 서부 캔자스주의 스모키 힐 층(Smoky Hill Formation)에서 발견되었다. 몸길이는 약 3m 정도로 현생 장수거북과 비슷한 크기였으며, 몸무게는 약 400kg 정도로 추정된다. 등딱지는 자라와 같은 무른 외피로 덮여 있었고, 비교적 가벼운 구조로 이루어져 있었다. 이는 같은 시기에 살았던 더 큰 바다거북인 아르켈론(Archelon)과 유사한 특징이다.
프로토스테가는 케라틴질의 부리가 달린 두개골을 갖고 있었으며, 주로 해파리나 두족류 등을 먹었을 것으로 추정된다. 분류학상으로는 파충강, 거북목, 잠경아목, 프로토스테가과(Protostegidae)에 속한다. 프로토스테가과는 백악기 후기에 번성했던 멸종된 바다거북 분류군으로, 현생 바다거북과는 다른 계통에 속한다.
