표도르 2세(러시아어: Фёдор II Борисович, 표도르 보리소비치 고두노프, 1589년~1605년 6월 20일)는 러시아 차르국의 차르(재위: 1605년 4월 23일~1605년 6월 20일)이다. 러시아 역사에서 '동란 시대(Time of Troubles)'라고 불리는 혼란기에 재위한 군주로, 보리스 고두노프 차르의 아들이다.
표도르 2세는 모스크바에서 태어났으며, 어머니는 마리아 그리고리예브나 스쿠라토바벨스카야로, 이반 4세(뇌제)의 측근이었던 말류타 스쿠라토프의 딸이다. 그는 신체적으로 건강하고 아버지의 총애를 받았으며, 당대 최고 수준의 교육을 받았다. 어린 시절부터 국정 운영에 참여하여 평의회에 참석하고 외국 사절을 접견하는 등 정치적 소양을 쌓았다. 특히 뛰어난 지성으로 러시아 지도를 직접 제작하였는데, 이 지도는 현재까지 보존되어 있으며 1613년 암스테르담에서 헤셀 게리츠에 의해 편집·출판된 이후 1665년까지 여러 차례 재판되었다.
1605년 4월 23일(구력 4월 13일), 아버지 보리스 고두노프가 갑작스럽게 사망하자 16세의 나이로 차르에 즉위하였다. 그러나 아버지가 그를 강력한 지지자들로 둘러싸 두었음에도 불구하고, 즉위 초기부터 반역의 움직임에 직면했다. 1605년 6월 11일(신력), 가짜 드미트리 1세(False Dmitry I)의 사절단이 모스크바에 도착하여 표도르 2세의 퇴위를 요구하였고, 붉은 광장에서 공개적으로 낭독된 편지가 그의 운명을 결정지었다. 가짜 드미트리 1세를 지지하는 보야르(귀족) 세력이 모스크바 크렘린을 점령하면서 표도르는 체포되었다.
1605년 6월 20일(구력 6월 10일), 표도르 2세는 어머니 마리아와 함께 자신의 거처에서 목이 졸려 살해당했다. 공식적으로는 자살(독살)로 발표되었으나, 스웨덴 외교관 페테르 페트레이우스는 공개 전시된 시신에 격렬한 저항의 흔적이 남아 있었다고 기록하였다. 당시 16세였던 표도르는 신체적으로 강건하고 민첩하여, 그를 제압하는 데 네 명의 성인이 필요했다고 전해진다. 그의 짧은 재위는 약 두 달에 불과했으며, 사후 가짜 드미트리 1세가 차르 자리를 승계하였다.
