클로로키트리움과(Chlorochytriaceae)는 녹조식물문(Chlorophyta) 녹조강(Chlorophyceae) 클라미도모나스목(Chlamydomonadales)에 속하는 녹조류 과(family)의 하나이다. 학명은 1920년 세첼(Setchell)과 가드너(N.L. Gardner)에 의해 명명되었다.
이 과에 속하는 생물들은 대부분 미세한 단세포 또는 다세포 녹조류로, 세포 크기가 비교적 크며(최대 약 400μm), 이차적으로 두꺼워진 세포벽이나 근상(根狀) 돌기를 가질 수 있다. 엽록체는 일반적으로 세포벽 주변부에 위치하며, 복잡한 엽상(葉狀) 구조로 분화되거나 피레노이드(pyrenoid)를 포함하기도 한다. 세포는 하나 또는 여러 개의 핵을 가진다. 무성생식은 두 개의 편모를 가진 유주자(zoospore)에 의해 이루어지며, 유성생식은 배우자(gamete)를 통해 일어날 수 있다.
클로로키트리움과에 속하는 여러 분류군은 관다발식물, 선태식물 또는 다른 조류의 조직 내부에 서식하는 내생(內生, endophytic) 또는 기생성 생활 방식을 보이는 것으로 알려져 있다. 다만 일부 학자들은 이 과가 서로 다른 기생성 속들을 인위적으로 묶어 놓은 분류군일 가능성이 있다고 지적하기도 한다.
하위 속으로는 클로로키트리움속(Chlorochytrium), Burkillia, Phyllobium, Rhodochytrium, Botryokoryne, 엔도스파이라속(Endosphaera) 등이 있으며, 한국어 위키백과 기준으로 6속 13종이 포함된다. 한편, 과거 이 과에 포함되었던 스코티노스파이라속(Scotinosphaera)은 분자계통학적 연구 결과에 따라 별도의 목(Scotinosphaerales)으로 분리되어 울바조강(Ulvophyceae)에 재배치되었다.
이 과의 분류학적 위치와 구성은 분자계통학적 연구가 진행됨에 따라 지속적으로 재검토되고 있다.
