클라미디아균류(衣原體門, Chlamydiae)는 세균의 한 문(門, phylum)으로, 클라미디아균문(Chlamydiota) 또는 의원체문이라고도 불린다. 이들 균류는 진핵생물 숙주 세포 내부에서만 증식할 수 있는 통성 세포내 병원균(facultative intracellular pathogen)의 특징을 지닌다.
클라미디아균류는 크기가 다수의 바이러스와 비슷하거나 그보다 작으며, 그람 음성균에 속한다. 이들은 숙주 세포의 외부에서는 감염성을 지닌 기본소체(elementary body) 형태로만 존재하며, 숙주 세포 내부로 침입한 뒤에는 대사적으로 활성 상태이지만 비감염성인 망상소체(reticulate body)로 전환되어 증식한다. 세포 내에서는 주로 포함체(inclusion body) 또는 액포(vacuole) 내에 위치한다. 숙주 세포가 성장할 때에만 함께 성장할 수 있으므로, 의학 실험실의 일반적인 세균 배양 배지에서는 번식이 불가능하며 숙주 세포 내에서만 분리·배양이 가능하다.
생물학적 분류상 클라미디아균류는 Chlamydiales 목과 Parachlamydiales 목으로 나뉘며, 주요 과(family)로는 Chlamydiaceae, Parachlamydiaceae, Simkaniaceae, Waddliaceae 등이 있다. 사람에게 질병을 일으키는 대표적인 종으로는 성병과 트라코마(결막염)의 원인인 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis), 폐렴을 유발하는 클라미디아 뉴모니아에(Chlamydia pneumoniae), 앵무병을 유발하는 클라미디아 프시타시(Chlamydia psittaci) 등이 알려져 있다. 클라미디아 트라코마티스에 의한 감염은 세계에서 가장 흔한 세균성 성전파 감염 중 하나로 알려져 있다.
역사적으로 클라미디아균류는 1907년 할버슈테터(Halberstaedter)와 폰 프로와체크(von Prowazek)에 의해 현대적으로 기술되었으며, 오랫동안 바이러스로 오인되기도 하였다. 그러나 두 종류의 핵산(DNA와 RNA)과 효소를 지니고 핵산을 자체적으로 합성한다는 점이 밝혀지면서 세균으로 재분류되었다. 1966년에 세균으로 공식 인정되었고, 이후 분류 체계가 지속적으로 정비되어 2022년에는 문명이 Chlamydiota로 개정되었다.
이들은 대략 10억 년 전에 다른 세균 계통과 분기한 독특한 진화적 계통을 형성한 것으로 추정되며, 시아노박테리아 또는 베루코미크로비아(Verrucomicrobia)와 연관된 진화적 관계가 논의되어 왔다. 최근 연구에 따르면 해양 퇴적층에서도 다수의 신종 클라미디아균류가 발견되어, 이들 모두가 반드시 숙주를 필요로 하는지는 아직 명확히 규명되지 않았다.
클라미디아균류는 사람과 동물에 질병을 유발하는 병원성 측면과, 원생동물과의 공생 관계, 그리고 해양 생태계에서의 다양성 등 여러 측면에서 미생물학과 의학 분야의 연구 대상이 되고 있다.
