코튼우드군(Cottonwood County)은 미국 미네소타주 남서부에 위치한 군(county)이다. 군청 소재지는 윈덤(Windom)이며, 미네소타주의 87개 군 중 하나에 해당한다.
지리적 위치 및 면적 코튼우드군은 미네소타주 남부 경계에서 북쪽으로 약간 떨어진 내륙에 자리하고 있으며, 주변으로는 머리군(Murray County), 와토놘군(Watonwan County), 마틴군(Martin County), 잭슨군(Jackson County), 노블레스군(Nobles County), 레드우드군(Redwood County), 브라운군(Brown County)과 접하고 있다. 군의 총 면적은 약 1,681km²이며, 이 중 육지 면적은 약 1,658km², 수역 면적은 약 23km²이다.
인구 2010년 미국 인구조사 기준으로 코튼우드군의 인구는 11,687명이었으며, 2018년 추산 인구는 11,277명으로 감소 추세를 보이고 있다. 1860년 최초 인구조사 당시에는 12명에 불과했으나, 19세기 후반부터 20세기 중반까지 꾸준히 증가하여 1940년에는 16,143명으로 최고치를 기록한 이후 점차 감소하는 양상을 보인다.
주요 도시 및 지역 군 내 주요 도시로는 윈덤(Windom, 군청 소재지), 마운틴레이크(Mountain Lake), 스토든(Storden), 제퍼스(Jeffers) 등이 있다. 이 지역들은 주로 농업 중심의 소규모 도시들로 구성되어 있다.
경제 및 산업 코튼우드군은 전형적인 미국 중서부 농업 지역으로, 옥수수, 콩, 밀 등의 곡물 재배와 축산업이 주요 산업 기반을 이루고 있다.
역사 코튼우드군은 1857년에 설립되었으며, 군의 이름은 이 지역에 자생하는 코튼우드 나무(Cottonwood tree, 미루나무속)에서 유래하였다. 1870년대에 철도가 부설되면서 정착민이 급격히 증가하였고, 이후 농업 중심지로 발전해 왔다.