코메니우스 대학교(Comenius University, 슬로바키아어: Univerzita Komenského v Bratislave)는 슬로바키아의 수도 브라티슬라바에 본부를 둔 공립 종합대학교이다. 슬로바키아에서 가장 오래되고 가장 규모가 큰 대학교로 알려져 있다.
설립과 명칭의 유래에 따르면, 이 대학교는 1919년 체코슬로바키아 수립 직후 설립되었다. 대학교의 이름은 17세기 체코 출신의 교육자이자 철학자인 얀 아모스 코메니우스(Jan Amos Comenius)의 이름에서 유래하였다. 코메니우스는 근대 교육학의 선구자로 평가되는 인물이다.
설립 초기에는 프라하의 카를 대학교(Charles University)의 지원을 받아 설립되었으며, 당시 슬로바키아 지역에 충분한 수의 슬로바키아어 사용 교수진이 없었던 관계로 초대 총장을 포함한 다수의 교수진이 체코 출신이었다. 1919년 의학부가 처음 개설되었고, 이후 1921년 법학부와 철학부가 설립되었다.
역사적 변천 과정을 살펴보면, 1939년부터 1954년까지는 '슬로바키아 대학교'(Slovak University)라는 명칭을 사용하였다. 제2차 세계대전 기간 중에는 학문적 자유가 제한되었고 체코 출신 교수들이 대학을 떠나야 했다. 전후인 1945년 학문적 자유가 회복되었으나, 1948년 공산주의 정권이 수립되면서 다시 제한되었다. 1989년 벨벳 혁명 이후 민주적 자치 체제가 도입되고 마르크스주의 이념 관련 필수 과목이 폐지되었다.
현재 이 대학교는 13개의 단과대학(학부)을 운영하고 있으며, 의학부, 법학부, 인문학부, 자연과학부, 교육학부, 약학부, 체육학부, 수학·물리·정보학부, 경영학부, 사회경제과학부, 신학부(로마 가톨릭 및 복음주의 루터교) 등을 포함한다. 마르틴(Martin) 지역에는 예세니우스 의학부(Jessenius Faculty of Medicine)가 별도로 위치해 있다.
2020년 기준으로 약 23,000명의 학생과 약 2,500명의 교직원이 재학·재직 중이었으며, 슬로바키아의 대부분의 대학교와 마찬가지로 주로 정부 재정으로 운영된다. 국제 대학 평가에서 슬로바키아 내 최상위권 대학으로 꾸준히 평가되고 있으며, 유럽 연합의 에라스무스(Erasmus) 프로그램과 위트레흐트 네트워크(Utrecht Network)에 참여하고 있다.
이 대학교의 출신 인물로는 슬로바키아의 전 총리 로베르트 피코(Robert Fico), 전 대통령 주자나 차푸토바(Zuzana Čaputová), 전 총리 이베타 라디초바(Iveta Radičová) 등이 알려져 있다.
