카복시펩티데이스 B(영어: carboxypeptidase B, EC 3.4.17.2)는 단백질 및 펩타이드의 C-말단(carboxy-terminal)에서 염기성 아미노산인 아르기닌(arginine)과 리신(lysine)을 우선적으로 절단하는 카복시펩티데이스의 한 종류이다. 프로타미네이스(protaminase), 이자 카복시펩티데이스 B(pancreatic carboxypeptidase B), 조직 카복시펩티데이스 B(tissue carboxypeptidase B), 펩티딜-L-리신[L-아르기닌] 가수분해효소(peptidyl-L-lysine [L-arginine] hydrolase)라고도 불린다.
이 효소는 이자(췌장)에서 분비되어 소장으로 이동하며, 단백질 소화 과정에 관여한다. 췌장에서 분비될 때는 프로카복시펩티데이스 B(procarboxypeptidase B)라는 불활성 전구체 형태로 분비된 후, 트립신(trypsin)에 의해 절단되어 활성화된다. 카복시펩티데이스 B는 아연(zinc) 의존성 엑소펩티데이스로서, 금속단백분해효소(metalloprotease) 계열에 속한다.
카복시펩티데이스 B에는 여러 동형(isoform)이 존재한다. 주요 동형으로는 췌장에서 발현되는 카복시펩티데이스 B1(CPB1, pancreatic carboxypeptidase B)과 혈장에 존재하는 카복시펩티데이스 B2(CPB2, plasma carboxypeptidase B, 또는 트롬빈 활성화 섬유소용해 억제제, TAFI)가 있다. CPB2는 보체계의 C5a 단백질을 C5a des-Arg로 전환하거나, 섬유소용해 과정에서 피브린의 C-말단 리신 잔기를 제거하여 섬유소용해를 조절하는 역할을 한다.
생화학 연구 및 생명공학 분야에서 카복시펩티데이스 B는 단백질 서열 분석 시 C-말단 아미노산을 순차적으로 제거하는 데 활용되며, 인슐린 생산 과정에서 C-펩타이드를 제거하는 데에도 사용된다. 또한 급성 췌장염 진단에서 혈중 카복시펩티데이스 B 활성도 측정이 보조적인 지표로 활용되기도 한다.
인간의 CPB1 유전자는 3번 염색체(3q24)에 위치하며, 유전자 산물은 417개의 아미노산으로 구성된 전구체 단백질이다. UniProt ID는 P15086이다.
