청주 운곡서원(淸州 雲谷書院)은 충청북도 청주시 상당구 운동동에 위치한 서원이다. 2015년 4월 17일 청주시 향토유적 제50호로 지정되었으며, 소유자는 경주이씨운곡서원종중이다.
운곡서원은 경주 이씨 인물들을 제향하기 위하여 세워진 사우(祠宇)이다. 이곳은 조선 후기 서원 철폐령으로 훼철된 전라북도 남원의 어은사(魚隱祠)에서 모시던 월성군(月城君) 이청(李蒨)과, 광주의 두암서원(杜巖書院)에 배향되었던 이감(李堪), 이흘(李忔), 이필경(李必慶) 등 경주 이씨 인물들을 제향하기 위하여 1944년에 경주 이씨 국당공파 문중과 청주의 유림들이 공동으로 세웠다. 이후 1976년에 이종문(李鍾聞)이 추가로 배향되어 함께 제향되고 있다.
건축적 특징을 살펴보면, 서원은 산록 하단부의 경사면에 자리 잡고 있어 삼문(三門)과 사당(祠堂)을 축대 위에 쌓아 축조하였다. 사당은 정면 3칸, 측면 1칸 반 규모의 겹처마 맞배지붕 건물로 풍판(風板)을 달았다. 장대석 기단 위에 평면을 내진(內陣)과 외진(外陣)으로 구분하였으며, 내진에는 3개의 분합문(分閤門)을 설치하였다. 단청은 검소한 느낌을 주는 긋기단청으로 마감하였다. 사당 입구에는 삼문을 세웠고, 삼문 밖에는 재실(齋室)이 있다.
서원은 일반적으로 훌륭한 유학자의 제사를 지내고 지역민을 교육하기 위하여 설립된 조선시대 지방의 사립 교육기관을 의미하는데, 청주 운곡서원은 근대 시기인 1944년에 창건된 비교적 후대의 사우로, 주로 제향 기능을 중심으로 운영되어 왔다. 현재는 상시 개방되어 있으며 관람료는 무료이고, 주차 시설이 갖추어져 있다.
