천주교 자이 교구(天主教嘉義教區, Catholic Diocese of Chiayi)는 대만 타이완에 위치한 로마 가톨릭교회의 교구로, 타이베이 관구(台北管區)에 소속되어 있다. 대만 중서부의 자이 현, 자이 시, 윈린 현을 관할한다.
역사 자이 교구의 역사는 1952년 8월 7일 교황 비오 12세의 교령에 따라 가오슝 대목구(高雄代牧區, Apostolic Vicariate of Kaohsiung)로부터 분할되어 자이 지목구(嘉義宗座監牧區, Apostolic Prefecture of Chiayi)로 설정되면서 시작되었다. 이후 1962년 4월 16일 교황 요한 23세에 의해 교구로 승격되어 현재의 자이 교구(嘉義教區, Diocese of Chiayi)가 되었다.
조직 및 관할 자이 교구의 주교좌 성당은 성 요한 세례자 주교좌 성당(聖若望洗者主教座堂, St. John the Baptist Cathedral)이다. 교구는 대만의 자이 현, 자이 시, 윈린 현의 천주교 신자들을 사목하며, 여러 본당과 사도직 단체들을 포함한다. 현재 교구장 주교는 주치엔위안(周繼源, Raymond Chien-yuan Chou) 주교이다. 자이 교구는 대만 내에 있는 다른 교구들과 함께 타이베이 대교구(台北大敎區)의 관할 아래에 있다.