창시자 효과(創始者效果, Founder Effect)는 집단유전학에서 사용되는 개념으로, 한 개체군에서 낮은 빈도로 존재하던 대립인자를 가진 소수의 개체들이 새로운 지역으로 이주하여 새로운 개체군을 형성할 때, 그 대립인자의 빈도가 새 개체군 내에서 폭발적으로 증가하는 현상을 말한다.
이 개념은 유전적 부동(genetic drift)의 한 사례로 분류되며, 개체군 병목 현상(population bottleneck)과 함께 유전적 부동의 주요 원인으로 꼽힌다. 새롭게 형성된 개체군은 원래 개체군의 유전자 풀(gene pool) 중 일부만을 전달받기 때문에 유전적 다양성이 감소하는 경향이 있다. 또한 작은 개체군의 특성상 유전적 부동의 영향이 커지고 근친 교배가 증가할 가능성이 높아진다.
창시자 효과의 이론적 원리는 시웰 라이트(Sewall Wright)가 무작위적 표류와 고립된 소규모 개체군의 균형에 관한 이론으로 정리하였으며, 이후 1963년 에른스트 마이어(Ernst Mayr)가 이를 체계적으로 정리하면서 학계의 주목을 받게 되었다.
창시자 효과는 진화 과정에 중요한 영향을 미친다. 새 개체군 내에서 희귀했던 특정 대립 유전자가 창시자 효과를 통해 전달되어 여러 세대에 걸쳐 주류 유전자가 될 수 있으며, 이는 자연 선택이나 돌연변이 등 다른 진화적 과정과 함께 작용하여 두 개체군 사이의 유전적·표현형적 차이를 확대시킬 수 있다. 지리적 격리 등 다른 요인이 함께 작용할 경우 종분화(speciation)의 기반이 되기도 한다.
대표적인 사례로, 아메리카 원주민의 혈액형 분포에서 B형이 없고 O형이 많은 현상이 지적된다. 이는 과거 아시아에서 아메리카 대륙으로 이주한 소수의 창시자 집단에 B형 유전자가 없고 O형 유전자가 많았기 때문인 것으로 추정된다.
창시자 효과는 집단유전학과 진화생물학에서 널리 인정받는 학술적 개념으로, 관련 내용은 위키백과, 두산세계대백과사전 등 여러 백과사전과 학술 문헌에서 확인할 수 있다.