딘 윈체스터(Dean Winchester)와 샘 윈체스터(Sam Winchester) 형제의 아버지로, 초자연적인 존재를 사냥하는 '헌터(Hunter)'의 삶을 시작하게 된 장본인이자 그들의 정신적 지주이다. 베트남 전쟁 참전 용사 출신으로, 원래는 평범한 가정을 꾸리고자 했다. 그러나 그의 아내 메리 윈체스터(Mary Winchester)가 노란 눈의 악마 아자젤(Azazel)에게 살해당하는 비극을 겪은 후, 존은 악마에게 복수하고 아들들을 보호하기 위해 초자연적인 세계로 뛰어들게 된다.
그는 악마와 괴물 사냥에 집착하며 헌터로서의 강인함과 뛰어난 능력을 보여준다. 아들들에게도 어린 시절부터 헌터의 기술과 지식을 가르치며 훈련시켰다. 하지만 복수에 대한 강박과 비밀스러운 성격, 그리고 위험한 삶으로 인해 딘과는 갈등을 겪기도 하고, 특히 샘과는 더 복잡하고 소원한 관계를 형성하기도 했다. 그는 아들들과 함께 가족 사업(Family Business)이라 불리는 악마 및 괴물 사냥을 수행하며 중요한 단서와 조언을 제공한다.
존 윈체스터는 아자젤을 쫓는 과정에서 많은 희생과 고난을 겪으며, 시즌 1 피날레에서는 아자젤에게 빙의되기도 한다. 시즌 2 초반, 치명상을 입은 딘을 살리기 위해 자신의 목숨을 악마에게 내주는 장렬한 희생을 한다. 이 희생은 드라마 전체의 중요한 전환점이자 딘과 샘 형제의 여정에 지대한 영향을 미친다. 이후에도 간헐적으로 유령의 형태로 나타나거나 회상 장면을 통해 아들들을 돕고 영향을 미친다.
젊은 시절의 존 윈체스터는 배우 맷 코헨(Matt Cohen)이, 성인이 된 존 윈체스터는 주로 배우 제프리 딘 모건(Jeffrey Dean Morgan)이 연기했다. 제프리 딘 모건의 카리스마 넘치는 연기는 존 윈체스터 캐릭터에 깊이를 더했다.
존 윈체스터는 단순히 딘과 샘의 아버지를 넘어, 《슈퍼내추럴》 세계관의 근간을 이루는 인물이다. 그의 비극적인 과거와 복수심은 두 아들이 헌터의 길을 걷게 된 결정적인 계기가 되었으며, 그의 유산과 가르침은 시리즈 내내 형제에게 지대한 영향을 미쳤다.