임진왜란 발발 전까지는 주로 함경도 지역에서 활동하였다. 1592년(선조 25) 임진왜란이 발발하자, 그는 함경도로 침입한 왜군(倭軍)에 맞서 의병을 일으켜 활약하였다. 당시 함경도는 일본군 가토 기요마사(加藤淸正) 부대가 주둔하며 약탈을 일삼던 곳으로, 관군(官軍)의 조직적인 저항이 미비한 상황이었다.
조맹선은 주민들을 규합하여 길주(吉州), 명천(明川), 회령(會寧) 등지에서 왜군과 격전을 벌였고, 특히 회령 지역에서는 피란민을 이끌고 왜군에 대항하여 혁혁한 공을 세웠다. 그는 함경도 북부 지역의 방어선을 지켜내고 일본군의 서진(西進)을 저지하는 데 크게 기여하였다.
전란 후에는 그의 공로가 인정되어 여러 관직에 제수되었다. 선조(宣祖) 대에는 길주 목사, 함경도 병마절도사 등 주요 요직을 거쳤으며, 인조(仁祖) 대까지 무관으로서 국방에 기여하였다.
조맹선은 임진왜란 당시 열악한 상황 속에서도 자발적으로 의병을 일으켜 지역 주민을 보호하고 왜적에 항전함으로써 애국심과 희생정신을 보여준 인물로 평가받는다. 사후(死後)에는 증 자헌대부(贈資憲大夫) 병조판서(兵曹判書)에 추증(追贈)되고, 길주의 충렬사(忠烈祠)에 배향되었다.