제퍼슨군(Jefferson County)은 미국 아이오와주 남동부에 위치한 군이다. 1839년 1월 21일에 설립되었으며, 군명은 미국의 제3대 대통령인 토머스 제퍼슨에서 유래했다. 군청 소재지는 페어필드(Fairfield)이다.
지리적으로 아이오와주 남동부 지역에 자리 잡고 있으며, 총 면적은 약 1,132제곱킬로미터(437제곱마일)이고, 그중 육지가 1,128제곱킬로미터(435제곱마일), 물이 4.1제곱킬로미터(1.6제곱마일)을 차지한다. 인접한 군으로는 북쪽에 워싱턴군, 북동쪽에 헨리군, 동쪽에 밴뷰렌군, 남쪽에 데이비스군, 남서쪽에 와펠로군, 서쪽에 마하스카군, 북서쪽에 키오카크군이 있다.
2020년 미국 인구 조사 기준 인구는 15,663명이다. 주요 도시로는 군청 소재지인 페어필드 외에 벅스턴, 리버티빌, 팩우드, 배트맨 등이 있다.
경제는 전통적으로 농업이 주를 이루었으나, 페어필드에 위치한 마하리시 국제대학교(Maharishi International University)의 영향으로 교육, 의료, 소규모 제조업 및 기술 관련 산업이 발달해 있다. 페어필드는 '미국에서 가장 특이한 소도시' 중 하나로 미디어에 소개되기도 했으며, 명상과 지속가능한 삶을 추구하는 커뮤니티로 알려져 있다.
주요 교통망으로는 미국 국도 34호선이 동서로 관통하며, 아이오와 주도 1호선과 16호선 등이 지나간다.
