재일대한기독교회(在日大韓基督教会, Korean Christian Church in Japan)는 일본에 거주하는 재일 한국인을 중심으로 형성된 기독교 교단이다. 1908년, 이수정(李樹廷)을 비롯한 일본 내 한국인 유학생들에 의해 도쿄에서 '도쿄교회(東京教会)'라는 명칭으로 설립되었으며, 일본 최초의 한인 기독교 교단으로 기록된다.
1909년 10월에는 한국예수교장로회 소속의 한석진(韓錫晋) 목사가 일본으로 파송되어 도쿄에 거주하는 한국인 유학생을 중심으로 본격적인 전도 활동이 시작되었다. 1934년에는 '재일본조선기독대회' 창립총회가 개최되어 독립된 교단을 형성하였다. 1939년 일제의 종교단체법 시행으로 1940년 '일본기독교회'에 흡수 합병되었고, 이후 '일본기독교단'에 편입되었다. 이 시기 재일한인교회는 일제의 탄압 속에서 설교와 공식 기록에 일본어 사용이 강요되는 등 어려움을 겪었다. 해방 직후인 1945년 11월 일본기독교단에서 독립하였고, 1947년 완전한 교회를 조직하였다.
1954년 일본 문화청으로부터 종교법인 인증을 받았다. 1984년 일본기독교단과, 1997년에는 일본기독교교회(日本キリスト教会)와 선교 협약을 맺었다. 1999년 제45회 정기총회에서 현재의 명칭인 '재일대한기독교회'로 개칭하였으며, 2008년 10월 13일 오사카여학원(大阪女学院) 교회에서 선교 100주년 기념대회를 개최하였다.
이 교단은 장로교, 감리교, 홀리니스교회(성결교) 계열이 연합한 합동교회의 성격을 지닌다. 에큐메니컬(교회일치) 운동에 참여하였으며, 일본기독교협의회(NCC)에 가입되어 있다. 현재 다섯 개의 지방회 아래 약 100개의 교회 및 전도소를 통괄하고 있으며, 본부는 일본 도쿄에 소재한다.
