일본홀리니스교회(日本ホーリネス教会, Japan Holiness Church)는 일본의 개신교 교파 중 하나로, 성결운동(Holiness Movement)에 뿌리를 둔 교단이다. 1901년 미국의 찰스 카우만(Charles E. Cowman)과 나카다 주지(中田重治) 등이 설립한 동양선교회(東洋宣教会, Oriental Missionary Society)를 기원으로 하며, 1917년에 정식 교단으로서 '일본홀리니스교회'가 조직되었다.
이 교회는 존 웨슬리(John Wesley)의 완전성화론을 계승한 신학적 입장에 서 있으며, 중생(重生)·성결(聖潔)·신유(神癒)·재림(再臨)의 사중복음(四重福音)을 핵심 교리로 강조하였다. 초대 감독은 나카다 주지가 맡았으며, 그는 일본의 드와이트 무디(Dwight Moody)로 불릴 정도로 활발한 대중 전도 활동을 전개하여 교단을 일본의 주요 개신교 교단으로 성장시켰다.
1936년 10월, 나카다 주지의 '일유동조론'(일본어: 一油動調論, 그리스도의 피와 관련된 신학적 해석 문제)을 둘러싼 신학적 갈등으로 교단은 분열되었다. 나카다 측은 '기요메 교회'(きよめ教会)를 창설하였고, 다른 측은 이후 여러 교단으로 나뉘어 오늘에 이르고 있다. 1942년에는 일제 정부의 종교 탄압(홀리니스 탄압 사건)으로 많은 교역자들이 치안유지법 위반 혐의로 체포되었고, 교회는 강제 해산되었다.
전후 일본홀리니스교회의 전통을 계승한 주요 교단으로는 일본홀리니스교단(日本ホーリネス教団, 1949년 설립), 일본복음교단(日本福音教団), 기독형제단(基督兄弟団), 웨슬리안홀리니스교단(ウェスレアン・ホーリネス教団) 등이 있으며, 이들은 일본 내에서 성결교파의 흐름을 이어가고 있다. 또한 일본기독교단(日本基督教団) 내에도 '홀리니스의 무리'(ホーリネスの群)라는 그룹이 존재한다. 한국의 기독교대한성결교회, 예수교대한성결교회 등도 동양선교회를 통해 같은 역사적 뿌리를 공유한다.
