인천광역시보건환경연구원(仁川廣域市 保健環境硏究院)은 인천광역시의 보건·환경 분야에 대한 검사 및 연구 업무를 담당하기 위해 인천광역시청 산하에 설치된 직속기관이다. 약칭은 '인천보건환경연구원'이며, 소재지는 인천광역시 제물포구 서해대로 471이다. 연구원장은 지방보건연구관·지방환경연구관 또는 지방수의연구관으로 보한다.
연혁을 살펴보면, 1981년 7월 1일 인천직할시 보건연구소로 처음 설치되었으며, 1991년 5월 14일 인천직할시 보건환경연구원으로 확대 개편되었다. 이후 1995년 1월 1일 인천광역시 승격에 따라 현재의 명칭인 인천광역시 보건환경연구원으로 변경되었다. 이후 여러 차례의 직제개편을 통해 조직이 확대·정비되어 왔다.
조직은 크게 총무과, 질병연구부, 식약연구부, 대기환경연구부, 물환경연구부, 동물위생시험소로 구성되어 있다. 질병연구부 산하에는 신종감염병과, 질병조사과, 매개체감염병과, 식중독예방과가 있다. 식약연구부는 식품분석과, 약품분석과, 삼산농산물검사소, 남촌농수산물검사소로 이루어져 있다. 대기환경연구부는 환경조사과, 산업환경과, 생활환경과, 기후대기과, 대기평가과를 두고 있으며, 물환경연구부는 수질보전과, 토양환경과, 해양조사과, 산업폐수과, 환경생태과로 구성되어 있다. 동물위생시험소는 방역관리과, 축산위생과, 강화방역지원과, 정밀검사과, 야생동물구조관리센터를 포함한다.
주요 업무는 인천 지역의 대기질, 수질, 토양 등 환경 분야에 대한 검사와 분석, 식품·의약품 안전성 검사, 감염병 진단 및 역학조사, 동물 위생 및 방역 업무 등이다. 또한, 인천 연안 및 강화 연안 34개 지점에 대한 분기별 해양수질 및 해저퇴적물 검사, 8개 하천 11개 지점에 대한 월별 수질검사 등 환경 모니터링 데이터를 생산하여 공개하고 있다. 이러한 데이터는 시민의 생활환경 및 수질 안전 수준 확인과 행정기관의 환경 정책 수립에 활용된다.
법적 근거로는 「보건환경연구원법」과 「인천광역시 행정기구 설치조례」에 따라 운영되며, 공식 웹사이트는 ecopia.incheon.go.kr에서 운영 중이다.