이핵아메바(학명: Dientamoeba fragilis)는 단편모충과(털편모충목)에 속하는 원생동물의 한 종이다. 학명 Dientamoeba fragilis는 Jeeps와 Dobell에 의해 1918년에 명명되었다. '이핵(二核)아메바'라는 이름은 영양형(trophozoite) 시기에 두 개의 핵을 가지는 형태적 특징에서 유래한다.
이 생물은 사람을 비롯하여 돼지, 고릴라 등의 대장 내에 기생하는 것으로 알려져 있다. 영양형만 존재하며 포낭(cyst)을 형성하지 않는 것이 특징으로, 이로 인해 다른 장내 아메바류와 구별된다. 일부 사람에게는 위장 장애의 원인이 되기도 하며, 드물게 치명적인 합병증을 유발할 수도 있다고 보고된다. 다만 병원성에 대해서는 논란이 있으며, 무증상 보유자도 많다.
대한기생충학회의 학술용어집에 따르면 이핵아메바는 Dientamoeba fragilis의 한국어 표준 명칭이며, 국립국어원 표준국어대사전에서는 "사람의 대장에서 살며, 병원성은 없다"고 기술되어 있다. 위키백과 및 의학기생충학 교재에서는 인체 장내 기생 원충의 하나로 분류된다.
