요하네스 부겐하겐(Johannes Bugenhagen, 1485년 6월 24일 ~ 1558년 4월 20일)은 독일의 종교개혁가이자 신학자이다. 마르틴 루터의 긴밀한 동료였으며, 북독일과 스칸디나비아 지역에 루터교를 전파하고 교회 조직을 정비하는 데 핵심적인 역할을 수행하였다. 출신지인 포메란(Pomerania)의 이름을 따 '닥터 포메라누스(Doctor Pomeranus)'라는 별칭으로도 알려져 있다.
1485년 포메란 공국의 볼린에서 태어난 그는 그리프스발트 대학교에서 수학하였으며, 인문주의 교육을 받은 후 사제로 서품되었다. 초기에는 인문주의적 관점을 견지했으나, 1520년 마르틴 루터의 저서인 『교회의 바벨론 유수』를 읽고 종교개혁 사상을 수용하였다. 1521년 비텐베르크로 이주하여 루터와 협력하기 시작했다.
부겐하겐은 1523년 비텐베르크 시립 교회의 목사로 선출되었으며, 루터의 개인적인 고해 신부이자 조언자로서 활동하였다. 그는 루터의 결혼식을 집례하였고, 루터가 사망했을 때 장례 설교를 맡기도 하였다.
그의 가장 큰 업적은 실무적인 교회 조직가로서의 활동이다. 그는 함부르크, 뤼베크, 브라운슈바이크 등 북독일의 여러 도시와 덴마크, 노르웨이 등지의 교회 규칙(Kirchenordnungen)을 제정하였다. 이 규칙들은 예배의 형식, 학교 교육의 개혁, 사회 복지 체계의 수립 등을 포함하고 있어 루터교가 제도적으로 정착하는 데 기틀이 되었다. 특히 1537년에는 덴마크 국왕 크리스티안 3세의 초청으로 코펜하겐에 머물며 덴마크 교회의 재편과 국왕의 대관식을 주관하였다.
학문적으로는 성경 주석 작업에 힘썼으며, 마르틴 루터의 독일어 성경 번역 과정을 도왔다. 또한 북독일 민중들을 위해 성경을 저지 독일어(Low German)로 번역하여 보급하는 데 기여하였다. 1558년 비텐베르크에서 사망하였으며, 그곳의 시립 교회에 안치되었다.
