왓카나이시(稚内市, Wakkanai-shi)는 일본 홋카이도(北海道) 북부에 위치한 도시로, 소야 종합진흥국(宗谷総合振興局)의 진흥국청 소재지이다. 일본 행정구역상 일본 본토에서 가장 북쪽에 위치한 시(市)로, 러시아 사할린주(樺太)와 가까운 국경 도시이다.
지명의 유래는 아이누어의 '얌 왓카 나이(Yam-wakka-nay)'로, '차가운(식용) 물이 흐르는 시내'라는 의미로 해석된다. 이는 도시 명칭이 아이누어 지명에서 비롯되었음을 보여준다. 현재의 왓카나이역 부근에 과거 우물물이 부족했던 지역 중에서도 이곳의 시내물이 예외적으로 양질의 물이었던 데서 유래한 것으로 알려져 있다.
역사적으로 보면, 1685년 에도 시대에 마쓰마에 번(松前藩)이 아이누족과의 교역 거점 및 북방 경비 지점으로 정착촌을 세운 것이 시초이다. 이후 1875년 상트페테르부르크 조약 이후 사할린에서 철수한 일본인 이주자들이 정착하면서 마을이 형성되었고, 1879년 왓카나이 촌(村)이 공식적으로 설립되었으며, 1901년 정(町)으로 승격되었다. 1949년 시(市)로 승격되어 현재에 이르렀다. 1905년 러일전쟁 승리로 일본이 사할린을 획득한 이후에는 사할린으로 가는 관문으로서 크게 번성하였으나, 제2차 세계대전 종전 후 사할린이 소련에 반환되면서 그 지위를 잃었다. 제2차 세계대전 중에는 일본 제국 해군의 잠수함 기지로 사용되기도 하였다.
지리적으로 왓카나이시는 홋카이도 최북단에 위치하며, 서쪽으로 일본해, 북쪽으로 소야 해협, 동쪽으로 오호츠크해에 접한다. 시내에 있는 소야곶(宗谷岬)은 일본 영토 중 북방영토를 제외한 실효 지배 지역의 최북단으로, 여기서 러시아 사할린섬까지의 거리는 약 43km이다. 시 전체 면적은 761.42km²이며, 인구는 2024년 7월 기준 약 30,590명으로 추산된다.
기후는 습윤 대륙성 기후(Köppen Dfb)로 분류되며, 겨울이 길고 추우며 눈이 많이 내린다. 연평균 강설량은 약 6.6m로 일본의 대도시급 인구 밀집 지역 중 아사히카와, 아오모리에 이어 세 번째로 많으며, 겨울철 평균 풍속은 일본에서 가장 높은 수준이다.
경제는 수산업, 낙농업, 관광업을 기반 산업으로 한다. 일본 최북단이라는 지리적 특성상 관광지로 유명하며, 주요 볼거리로는 일본 최북단을 상징하는 소야곶 기념비, 왓카나이공원 내의 100주년 기념탑(개기백년기념탑)과 호북기념관(北方記念館) 등이 있다. 또한 도시 특성상 강한 바람을 활용한 풍력 발전이 활발하여 시내 곳곳에 풍력 발전 시설이 운영되고 있다. 교통 측면에서는 왓카나이 공항이 있어 신치토세 공항 및 도쿄 하네다 공항 노선이 운항되며, 인근 리시리섬과 레분섬을 연결하는 페리 항로가 운영된다. 사할린 코르사코프와의 페리 노선은 과거 운영되다가 2019년 이후 운행이 중단된 상태이다.
시 인구는 1975년 약 55,000명으로 정점을 기록한 이후 지속적으로 감소하여, 2020년 인구조사 기준 약 33,500명 수준으로 나타나 전형적인 일본 지방 도시의 인구 감소 추세를 보이고 있다. 자매 도시로는 필리핀 바기오(1973년)가 있으며, 러시아의 네벨스크, 코르사코프, 사할린스크 등과 우호 도시 관계를 맺고 있다.