사할린섬(러시아명: 사할린주) 남부에 위치했으며, 현재의 러시아 사할린주 코르사코프(Korsakov, 러시아어: Корсаков)에 해당하는 오토마리정(大泊町)을 중심으로 주변 지역을 관할했다.
1905년 러일 전쟁 이후 포츠머스 조약에 따라 일본 제국이 사할린섬 남부를 할양받아 가라후토청을 설치하면서 여러 지청 중 하나로 설립되었다. 오토마리 지청은 지역 행정 및 치안 유지, 산업 개발 등을 담당하며 가라후토청의 지방 거점 역할을 수행했다.
제2차 세계 대전이 종결되고 일본이 사할린섬에 대한 통치권을 상실하면서 1945년 해체되었다. 현재 해당 지역은 러시아 사할린주에 속하며, 오토마리 지청이라는 행정 명칭은 더 이상 사용되지 않는다.