그녀는 정1위(正一位) 참의(参議)를 지낸 정친정 공명(正親町公明)의 딸로 태어났다. 정친정가(正親町家)는 후지와라 씨(藤原氏)의 한 갈래로, 대대로 조정을 섬긴 명문 귀족 가문이었다.
1794년(간세이 6년), 나오코는 고카쿠 천황의 뇨고로 입궁하여 황실에 들어왔다. 이후 고카쿠 천황과의 사이에서 1797년(간세이 9년)에 첫째 아들인 미치히토 친왕(道仁親王, 훗날 닌코 천황)을 낳았으며, 1799년(간세이 11년)에는 둘째 아들인 히사히토 친왕(悦仁親王)을 낳았다.
그러나 나오코는 1800년(간세이 12년)에 24세의 나이로 요절하였다. 그녀가 사망한 지 20여 년이 지난 1823년(분세이 6년), 그녀의 아들인 닌코 천황이 즉위하면서 어머니인 나오코에게 황후(皇后)의 칭호가 추증되었다. 사후 황후로 추봉되었기 때문에 생전에는 황후 칭호를 받지 못했다. 능호(陵號)는 츠키노와노 미사사기(月輪陵)이다.