아종(亞種, 영어: subspecies)은 생물 분류학에서 종(種)의 하위 단계에 해당하는 분류군으로, 분류 계층상 종의 바로 아래에 위치한다. 아종은 동일한 종 내에서도 지리적 분포나 환경적 요인 등으로 인해 형태적·유전적 차이를 보이는 개체군을 별도로 구분할 때 사용되는 분류 단위이다.
아종 상호 간에는 공통된 형질을 많이 공유하며 서로 교배가 가능하고, 교배 결과 생산된 자손도 번식력을 갖는 것이 일반적인 특징이다. 이는 종(種) 수준에서 서로 교배가 어렵거나 교배가 이루어져도 자손의 번식력이 없는 경우와 구별되는 점이다. 아종 간의 차이는 일반적으로 종 간의 차이보다 덜 뚜렷하다.
분류학에서는 아종을 인정할지 여부를 분류학자가 결정한다. 두 개체군을 완전한 별개의 종이 아닌 아종으로 구분하는 일반적인 기준은 서로 교배가 가능한 능력이 있다는 점이다. 다만 야생에서는 지리적 고립이나 성 선택 등의 요인으로 인해 서로 다른 아종들이 실제로 교배하지 않는 경우가 많다.
명명법 측면에서 동물학에서는 국제동물명명규약(ICZN)에 따라 아종의 학명을 삼명법(trinomial nomenclature)으로 표기한다. 예를 들어 표범의 학명이 Panthera pardus일 때, 그 아종인 인도표범은 Panthera pardus fusca와 같이 속명, 종소명, 아종명의 세 단어로 표기한다. 식물학에서는 아종명 앞에 subspecies(subsp. 또는 ssp.로 축약)를 붙여 표기한다.
동물명명법에서 특정 종이 여러 아종으로 나뉠 때, 해당 종의 모식표본이 포함되는 아종을 승명아종(承名亞種, nominotypical subspecies) 또는 모식아종이라 하며, 이 아종의 아종명은 종소명과 동일하다. 아종을 두 개 이상 가지는 종을 다형종(多形種, polytypic species)이라 하고, 반대로 아종을 가지지 않는 종을 단형종(單形種, monotypic species)이라 한다.
품종과 변종은 아종의 하위 단계에 해당하는 개념으로, 아종과는 구별된다. 다만 종에 따라서는 아종 없이 종 아래에 바로 품종이나 변종만 존재하는 경우도 있다. 동물학에서 국제동물명명규약에 따라 아종은 학명을 부여받을 수 있는 종 아래의 유일한 분류학적 순위이다. 식물학과 균류학에서는 변종 등 종 이하의 등급에도 명명이 가능하며, 세균학과 바이러스학에서는 종 이하의 순위를 인정하기 위한 권장 사항이 있으나 엄격한 규정은 없다.
