아원자 입자(亞原子 粒子, 영어: subatomic particle)는 원자보다 작은 크기의 입자를 총칭하는 개념이다. 이는 중성자, 양성자, 전자와 같이 원자를 구성하는 입자뿐만 아니라, 중성미자, 반전자, 반양성자, 반중성자, 뮤온, 보손 등 원자보다 작은 모든 입자를 포함한다. 입자물리학과 핵물리학은 이러한 아원자 입자들과 그 상호작용 과정을 연구하는 학문 분야이다.
아원자 입자는 크게 두 가지로 분류된다. 하나는 더 이상 분해되지 않는다고 여겨지는 기본 입자(소립자)이고, 다른 하나는 두 개 이상의 기본 입자가 결합하여 이루어진 복합 입자이다. 기본 입자로는 6종의 쿼크(위 쿼크, 아래 쿼크, 맵시 쿼크, 기묘 쿼크, 꼭대기 쿼크, 바닥 쿼크), 6종의 렙톤(전자, 전자 중성미자, 뮤온, 뮤온 중성미자, 타우, 타우 중성미자), 12종의 보손(광자, W 보손, Z 보손, 8종의 글루온), 그리고 힉스 보손이 있다. 복합 입자의 대표적인 예로는 양성자와 중성자가 있으며, 이들은 쿼크가 글루온으로 결합된 강입자에 속한다.
빛이 파동성과 입자성(광자)을 동시에 가진다는 파동-입자 이중성이 실험을 통해 증명되면서, 빛 또한 아원자 입자로 간주되게 되었다. 불확정성 원리는 위치와 운동량과 같은 입자의 특성을 동시에 정확히 측정할 수 없음을 명시한다. 양자장론의 틀에서 입자들의 상호작용은 해당하는 기본 상호작용에서의 양자의 생성과 소멸로 이해된다.
현재까지 실험을 통해 규명된 아원자 입자 중 가장 최근에 발견된 것은 2012년에 발견된 힉스 보손이다. 그 이전에는 1995년의 위 쿼크, 2000년의 타우 중성미자가 발견되었다. 표준 모델의 다양한 확장은 기본 중력 입자 등 추가적인 기본 입자의 존재를 예측하고 있으나, 2021년 현재까지 새롭게 발견된 아원자 입자는 보고되지 않았다.