아마쿠사 제도(일본어: 天草諸島)는 일본 규슈 구마모토현 서쪽 해상에 위치한 군도이다. 아리아케해, 야쓰시로해(시라누이해), 아마쿠사나다(天草灘)에 의해 둘러싸여 있다. 주요 섬은 가미시마섬(上島)과 시모시마섬(下島)이며, 시모시마섬의 면적은 574.92km²로 혼슈 등 주요 4개 섬을 제외한 일본의 섬 중 8위에 해당한다. 제도 전체 면적은 약 1,000km²이며 인구는 약 14만 명이다.
지형적으로 특별히 높은 산은 없으나 구릉이 많고, 460m가 넘는 네 개의 봉우리가 있다. 계단식 논밭이 관광지로 유명하다. 주요 교통 수단으로 아마쿠사 비행장이 있다.
역사적으로 1637년부터 1638년까지의 시마바라의 난(島原の乱)과 관련이 깊다. 이 난은 기근과 기독교 탄압에 항거하여 일어난 대규모 봉기였으며, 당시 16세의 아마쿠사 시로(天草四郎)가 반란을 주도한 것으로 알려져 있다. 난 진압 이후에도 기독교도들에 대한 박해가 계속되었으며, 이 지역에서는 이후 수백 년간 기독교 신앙이 은밀히 전승되는 '잠복 기리시탄'(隠れキリシタン) 현상이 나타났다. 현재도 이 지역 인구의 약 30%가 기독교도라는 통계가 있다.
기후는 온난하며, 수산업과 보리새우·진주 등의 양식업이 활발하다. 과거에는 소량의 석탄과 고령석이 생산되어 히라도섬과 사쓰마 지역의 도자기 원료로 사용되었다.
나가사키현의 시마바라반도와 함께 운젠아마쿠사 국립공원(雲仙天草国立公園)으로 지정되어 있다. 해수욕, 돌고래 관찰, 뱃놀이, 온천 등을 즐길 수 있어 연간 약 480만 명의 관광객이 방문하는 관광지이기도 하다.
