신하코다테호쿠토역(일본어: 新函館北斗駅)은 일본 홋카이도 호쿠토시에 위치한 홋카이도 여객철도(JR 홋카이도)의 철도역이다. 홋카이도 신칸센과 하코다테 본선이 지나는 역으로, 역 번호는 H70이다.
이 역은 1902년 12월 10일 홋카이도 철도의 일반역으로 처음 개업하였으며, 당시 역명은 혼고역(本郷駅)이었다. 1942년 4월 1일 오시마오노역(渡島大野駅)으로 개칭되었고, 2016년 3월 26일 홋카이도 신칸센이 개통됨에 따라 현재의 신하코다테호쿠토역으로 역명이 변경되었다. 신칸센 개통 이전까지는 하코다테 본선의 간이역(무인역)으로 운영되었다.
역명은 '신(新) 하코다테'와 소재지인 호쿠토시(北斗市)의 명칭을 결합한 것이다. 신칸센 계획 당시 가칭은 '신하코다테역(新函館駅)'이었으나, 역명을 결정하는 과정에서 하코다테시는 '신하코다테' 또는 '신하코다테호쿠토'를, 호쿠토시는 '호쿠토하코다테(北斗函館)'를 각각 주장하며 갈등을 빚었다. 이후 홋카이도 도청의 중재로 '신하코다테호쿠토'로 타결되었다.
승강장 구성은 신칸센이 2면 2선, 재래선(하코다테 본선)이 2면 4선이다. 신칸센 승강장은 11·12번선을 사용하며, 도쿄 방면으로 운행된다. 13번선은 삿포로 방면 연장 개통 시 사용될 예정으로 미공용 상태이다. 재래선 승강장에서는 하코다테 방면 및 오샤만베·삿포로 방면으로의 특급 '슈퍼 호쿠토'와 보통 열차가 운행되며, 신칸센과 하코다테역을 연결하는 '하코다테 라이너'도 이 역을 기점으로 운행된다.
홋카이도 신칸센의 시·종착역 역할을 하며, 도호쿠 신칸센과 직결 운행하여 도쿄역까지 연결된다. 신칸센 개통에 맞추어 호쿠토시는 역 남측 약 13,500m² 일대에 토지구획 정리 사업을 통한 개발 계획을 수립하였다.
