슈말칼덴 전쟁(Schmalkaldic War, 1546년 – 1547년)은 신성 로마 제국 내에서 프로테스탄트 제후 및 도시들이 결성한 슈말칼덴 동맹과, 로마 가톨릭을 옹호하며 동맹을 해체하려 했던 신성 로마 제국 황제 카를 5세 간에 벌어진 종교 전쟁이다. 전쟁의 주된 원인은 종교 개혁 이후 제국 내에서 가톨릭과 프로테스탄트 간의 갈등 심화였으며, 정치적 요인 또한 복잡하게 얽혀 있었다.
전쟁은 1546년 여름, 카를 5세가 슈말칼덴 동맹에 대한 제국 집행령을 선포하면서 시작되었다. 황제군은 교황 바오로 3세의 지원을 받아 동맹군에 우위를 점했고, 결정적인 1547년 4월 24일 뮐베르크 전투에서 동맹군을 격파했다. 이 전투에서 슈말칼덴 동맹의 지도자였던 작센 선제후 요한 프리드리히 1세와 헤센 방백 필리프 1세가 포로로 잡히면서 동맹은 사실상 와해되었다.
전쟁의 결과, 카를 5세는 제국 내 프로테스탄트 세력에 대한 일시적인 우위를 확보했지만, 완전한 종교적 통일을 이루지는 못했다. 1548년 아우크스부르크 잠정 협정을 통해 제한적인 종교 자유가 허용되었으나, 이는 양측 모두에게 불만족스러운 타협이었다. 결국 종교적 갈등은 1552년 제후 반란으로 재점화되었고, 1555년 아우크스부르크 화의를 통해 '제후의 종교가 그 땅의 종교이다(Cuius regio, eius religio)'라는 원칙이 확립되면서, 제국 내 종교 분열이 공식적으로 인정되었다. 슈말칼덴 전쟁은 종교 개혁 시대의 중요한 전환점이었으며, 유럽 역사에 큰 영향을 미쳤다.