세종문화재연구원은 문화유산에 대한 조사, 보존, 보호, 복원, 관리 및 그에 관한 연구를 통해 민족문화의 우수성을 전승·보급하고 문화산업 발전과 새로운 문화창조에 기여함을 목적으로 설립된 재단법인이다. 2009년 1월 6일 문화체육관광부 소관으로 설립되었으며, 사무실은 경상북도 경산시 대학로9길 36(정평동)에 위치하고 있다.
주요 사업으로는 문화유산에 대한 조사·연구·보존·보호 관련 사업, 매장문화재에 대한 지표조사 및 발굴조사, 학술연구와 연구보고서 발간, 문화유산 관련 학술행사 개최 및 유관기관 지원, 문화유산 관련 사회교육 및 인력양성을 위한 장학사업, 문화재 관련 업무의 자문과 수탁사업, 문화재의 보존처리·수장·정비 및 이전·복원 등이 있다. 또한 법인의 목적을 달성하기 위한 각종 부대사업도 수행한다.
이 기관은 대한민국 국가유산청(구 문화재청)의 비영리법인으로 등록되어 있으며, 문화재 조사 전문기관으로서 지표조사, 시굴조사, 발굴조사 등의 현장 조사 업무를 비롯하여 학술 연구 활동을 활발히 진행하고 있다.