섬모충(纖毛蟲)은 몸 표면에 섬모(cilium)라고 불리는 짧은 털 모양의 구조물을 가지고 있는 단세포 원생동물을 통틀어 이르는 말이다. 학명은 Ciliophora로, 생물 분류상 진핵생물역 크로말베올라타계 피하낭상문에 속하는 하나의 문(門)을 이룬다.
섬모충류의 가장 큰 특징은 세포 표면 전체 또는 일부에 존재하는 섬모로, 이 섬모를 이용하여 이동하고 먹이를 포획하며 감각 기능을 수행한다. 대표적인 종으로 짚신벌레(Paramecium), 나팔벌레(Stentor), 종벌레(Vorticella), 디디니움(Didinium), 테트라하이메나(Tetrahymena) 등이 있다.
세포 내에 크고 작은 두 종류의 핵, 즉 대핵(macronucleus)과 소핵(micronucleus)을 함께 가지는 것이 중요한 특징이다. 대핵은 영양과 성장 등 일상적인 생명 활동을 담당하고, 소핵은 생식과 유전 정보 전달에 관여한다. 유성생식은 접합(conjugation)에 의해 이루어지고, 무성생식은 분열법(횡분열)이나 출아법으로 이루어진다. 대부분 자유생활을 하지만, 사람을 포함한 동물에 기생하는 종류도 존재한다. 대장섬모충(Balantidium coli)은 사람을 감염시키는 유일한 섬모충류로, 대장섬모충증(Balantidiasis)을 일으키는 병원균으로 알려져 있다.
서식 환경은 매우 다양하여 담수, 해수, 토양, 이끼, 나무껍질뿐 아니라 산소가 없는 혐기성 환경에서도 발견된다. 극한 환경에 노출되면 휴지기 상태로 전환하여 생존하는 능력을 지니고 있다.
분류학적으로는 크게 후향미세소관섬모충아문(Postciliodesmatophora)과 내핵아문(Intramacronucleata)의 두 아문으로 나뉘며, 그 아래에 이모강(Heterotrichea), 열구섬모충강(Litostomatea), 빈막강(Oligohymenophorea), 선모강(Spirotrichea), 콜포다강(Colpodea) 등 다양한 강(綱)으로 세분된다. 섬모충류 중에는 생물 중 가장 많은 수의 염색체를 가지는 종이 존재하는 것으로 알려져 있다.
