산타아폴로니아역(포르투갈어: Estação Ferroviária de Lisboa-Santa Apolónia, 또는 Lisboa-Santa Apolónia)은 포르투갈 리스본에 위치한 철도역이다. 포르투갈에서 가장 오래된 철도 종착역으로, 리스본의 알파마(Alfama) 역사 지구의 타구스강(테주강) 북쪽 강변, 상비센트(São Vicente) 행정구에 자리한다. 포르투갈 철도의 제1간선인 노르트 선(Norte Line)의 리스본 종착역 역할을 하며, 고속열차인 알파 펜둘라르(Alfa Pendular)가 정차하고 포르투 등 국내 주요 도시 및 스페인 마드리드, 프랑스 앙다예 등지로 가는 국제열차가 출발한다.
이 역의 기원은 1844년 수립된 리스본-스페인 간 철도 건설 계획에서 비롯되었다. 초기에는 철도와 해상 교통을 연결하는 복합역으로 계획되었으며, 당시 유럽에서 아메리카로 향하는 승객들이 환승하던 '카이스 다 아메리카(Cais da América)' 또는 '카이스 다 에우로파(Cais da Europa)'라는 이름으로도 알려졌다. 역 부지는 정부가 인수한 옛 산타아폴로니아 수도원(Convento de Santa Apolónia) 자리에 조성되었으며, 역의 이름도 이 수도원에서 유래한 것으로 알려진다.
철도역 건물은 1865년 5월 1일에 개통되었으며, 최초의 리스본 연결 노선은 1873년부터 운영되었다. 1891년부터 1957년까지는 대부분의 여객 서비스가 로시우 역(Rossio)으로 이전되기도 하였다. 건축적으로는 신고전주의 양식의 정면을 갖춘 U자형 건물로, 19세기 철도역 건축의 특징인 철골과 유리로 이루어진 대형 내부 네이브(약 117m 길이, 24.6m 폭, 13m 높이)를 보유하고 있다. 역 설계는 앙헬 아리바스 우가르테(Angel Arribas Ugarte)가 맡았다.
2007년 12월 19일에는 이 철도역과 연결되는 리스본 지하철 아줄(파란색) 선의 산타아폴로니아 역이 개업하였다. 철도역과 지하철역 모두 '산타아폴로니아'라는 동일한 이름을 공유하며, 역 주변에는 대합실, 매표소, 수하물 보관소, 상점, 식당 등의 편의 시설이 갖추어져 있다.
