블루 브레인 프로젝트(Blue Brain Project)는 스위스 로잔 연방 공과대학교(EPFL)의 브레인 앤드 마인드 연구소(Brain and Mind Institute)에서 2005년 5월에 설립된 신경과학 연구 이니셔티브이다. 설립 이사는 헨리 마크람(Henry Markram) 교수이며, 펠릭스 쉬르만(Felix Schürmann), 아드리아나 살바토레(Adriana Salvatore), 션 힐(Sean Hill)이 공동 감독을 맡았다. 이 프로젝트는 2024년 12월에 종료되었다.
이 프로젝트의 목표는 생물학적으로 상세한 디지털 재구성(digital reconstruction)과 시뮬레이션을 통해 포유류 뇌, 특히 쥐의 뇌 구조와 기능의 기본 원리를 규명하는 것이었다. 연구진은 IBM의 블루 진(Blue Gene) 슈퍼컴퓨터와 마이클 하인스(Michael Hines)의 NEURON 시뮬레이션 소프트웨어를 활용하여 생물학적으로 현실적인 뉴런 모델과 경험적으로 재구성된 모델 커넥톰(connectome)을 구축하였다.
주요 연구 성과로는 2006년 최초의 신피질 기둥(neocortical column) 모델 완성, 2007년 쥐 신피질 기둥의 초기 모델 완성, 2015년 3만 개의 뉴런을 포함한 쥐 뇌 일부 시뮬레이션, 2018년 최초의 디지털 3D 뇌 세포 지도책(brain cell atlas) 발표 등이 있다. 2017년에는 신경 클리크(neural clique)가 최대 11차원으로 서로 연결되어 있음을 발견하여 대수적 위상수학(algebraic topology)을 활용한 신경망 분석의 새로운 가능성을 제시하였다.
이 프로젝트는 여러 오픈 소스 소프트웨어를 개발하였으며, 대표적으로 데이터 통합 플랫폼인 Blue Brain Nexus, 단일 뉴런의 전기적 모델 최적화 도구인 BluePyOpt, 대규모 시뮬레이션 엔진인 CoreNEURON, 뉴런 형태 시각화 도구인 NeuroMorphoVis, 데이터 형식 표준인 SONATA 등이 있다.
블루 브레인 프로젝트는 유럽연합의 인간 두뇌 프로젝트(Human Brain Project, HBP)의 기반이 되었으며, 스페인의 카잘 블루 브레인(Cajal Blue Brain) 프로젝트 등 여러 국제 협력 연구로 확장되었다. 주요 자금은 스위스 정부와 유럽연합 집행위원회의 Future and Emerging Technologies(FET) 플래그십 보조금을 통해 조달되었다.
