1987년 10월 15일, 콩파오레는 쿠데타를 일으켜 당시 대통령이던 토마 상카라를 살해하고 권력을 장악했다. 그는 "대중 전선"을 결성하고 국가 원수가 되었으며, 이후 여러 차례 선거를 통해 대통령직을 유지했다. 그의 통치 기간 동안 부르키나파소는 비교적 안정적인 모습을 보였으나, 언론 탄압, 야당 인사 탄압, 인권 침해 등의 비판을 받기도 했다. 또한, 리비아, 라이베리아, 시에라리온 등의 주변국 내전 개입 의혹이 제기되기도 했다.
2014년, 콩파오레는 헌법을 개정하여 자신의 대통령 임기 제한을 없애고 장기 집권을 시도했다. 이에 반대하는 대규모 시위와 폭동이 전국적으로 확산되었고, 결국 그는 2014년 10월 31일 대통령직에서 사임하고 코트디부아르로 망명했다. 그의 사임은 27년간의 장기 집권에 종지부를 찍었으며, 이후 부르키나파소는 과도 정부를 거쳐 민주적인 정권 교체를 이루었다.
사임 후 콩파오레는 2021년에 토마 상카라 암살 사건의 공범으로 기소되어 궐석 재판을 받았다. 2022년 4월, 그는 상카라 암살과 관련하여 살인 및 국가 안보 침해 등의 혐의로 종신형을 선고받았다.