보트엔진(Boat Engine)은 모터보트에 사용되는 엔진을 말한다. 보트를 추진하는 동력원으로, 엔진의 설치 위치와 방식에 따라 크게 선외기(Outboard motor)와 선내기(Inboard motor)로 구분된다.
선외기 엔진은 엔진과 추진기가 하나의 유닛으로 구성되어 선미(배의 뒷부분) 외부에 장착되는 방식이다. 분리와 이동이 용이하고 유지보수가 비교적 간편하여 소형 모터보트와 레저용 보트에서 널리 사용된다. 소형 선외기 엔진은 보통 단기통 엔진을 사용한다.
선내기 엔진은 엔진이 보트 선체 내부에 고정 장착되는 방식이다. 엔진의 동력은 추진축(shaft)을 통해 선체 외부의 프로펠러로 전달된다. 선내기 방식은 대형 보트나 고속 보트에서 주로 사용되며, 선외기 방식에 비해 출력이 높고 무게 중심이 낮아 안정성이 좋은 반면, 설치 공간이 필요하고 유지보수가 상대적으로 까다롭다.
연료로는 경유를 사용하는 디젤 엔진과 휘발유를 사용하는 가솔린 엔진이 주로 사용된다. 최근에는 친환경 동력원으로 전기 보트 엔진도 개발되어 사용되고 있으며, 최초의 전기 보트는 1880년 전기 보트 회사에서 출시한 '일렉트릭 런치(Electric Launch)'로 알려져 있다.
주요 보트 엔진 제조사로는 머큐리(Mercury Marine), 야마하(Yamaha), 도하츠(Tohatsu), 혼다(Honda) 등이 있다.
