보츠와나 대통령은 국회(National Assembly) 의원들의 간접 선거를 통해 선출되며, 임기는 5년이다. 일반적으로 국회에서 다수 의석을 차지한 정당의 대표가 대통령으로 지명되고 선출된다. 대통령은 내각 구성원인 장관들을 임명하고 해임할 권한을 가지며, 국가의 외교 정책을 총괄하고 국제 관계에서 보츠와나를 대표한다.
현재 보츠와나의 대통령은 2018년 취임한 모크위치 마시시(Mokgweetsi Masisi)이다. 보츠와나는 아프리카 대륙에서 비교적 안정적인 다당제 민주주의와 건전한 거버넌스를 유지하고 있는 국가 중 하나로 평가받으며, 이는 대통령직의 안정적인 운영과도 밀접한 관련이 있다. 대통령은 주로 가보로네에 위치한 대통령궁에서 업무를 수행한다.