미쓰이 기념미술관(일본어: 三井記念美術館)은 일본 도쿄도 주오구 니혼바시 무로마치에 위치한 미술관이다. 2005년 10월에 개관하였으며, 에도 시대(1603년~1867년)부터 약 300년 이상에 걸쳐 미쓰이(三井) 가문이 수집해 온 미술품과 공예품을 소장·전시하고 있다.
소장품은 약 4,000점 이상의 미술품과 약 13만 점의 우표류에 이르며, 다기를 중심으로 그림, 서적, 도검, 노(能) 의상 및 소품, 생활 장식품 등 다양한 분야를 망라한다. 이 중 일본 정부가 지정한 국보 6점, 중요문화재 약 75점, 중요미술품 4점을 포함하고 있어, 일본 내 개인 컬렉션 중에서도 매우 뛰어난 규모와 질을 자랑한다. 다만 상설 전시는 운영하지 않고, 소장품을 주제로 한 기획전과 다양한 테마의 특별전을 개최하는 방식으로 운영된다.
미술관이 위치한 건물은 1929년 준공된 미쓰이 본관(三井本館)으로, 신고전주의 양식의 건축물로서 일본의 중요문화재로 지정되어 있다. 미술관은 이 건물의 7층에 자리하고 있다.
미쓰이 기념미술관은 이전에 도쿄도 나카노구에 있던 미쓰이 문고(三井文庫) 별관 시설을 승계하여, 미쓰이 그룹과 인연이 깊은 니혼바시 지역으로 이전·개관한 것이다. 관람 시간은 10시부터 17시까지이며, 매주 월요일이 휴관일이다.
