미생물자원센터는 세균, 고균, 곰팡이, 미세조류, 바이러스 등 미생물 자원을 수집, 분류, 보존하며 이를 연구 및 산업 분야에 분양하는 기능을 수행하는 기관을 의미한다. 생물다양성 확보와 바이오 산업의 기초 소재 공급을 목적으로 운영된다.
주요 역할은 유용 미생물의 탐색과 확보, 계통학적 분류 및 동정, 장기 보존 기술 개발, 그리고 산·학·연 전문가들을 대상으로 한 미생물 자원의 분양과 정보 제공이다. 미생물은 의약품, 식품, 환경 정화, 에너지 생산 등 다양한 산업 분야에서 핵심 소재로 활용되므로, 이를 체계적으로 관리하는 자원센터의 역할은 국가적 생물 주권 확보 측면에서도 중요하게 다루어진다.
대한민국에서는 한국생명공학연구원(KRIBB) 산하의 생물자원센터(KCTC)가 대표적인 역할을 수행하며, 농업 미생물을 관리하는 농업미생물은행(KACC) 등 각 분야별로 특화된 미생물자원센터들이 존재한다. 또한, 범부처 차원에서 미생물 자원의 통합 관리 및 활용을 위해 국가미생물자원센터를 지정하여 운영하기도 한다.
국제적으로는 미생물자원센터 네트워크(World Federation for Culture Collections, WFCC) 등을 통해 표준 균주에 대한 정보를 공유하고 자원의 안전한 보존과 교류를 도모한다. 이러한 기관들은 나고야 의정서 등 생물 자원의 이익 공유와 관련된 국제적 규범에 대응하는 창구 역할도 병행한다.
