이 칼리파국은 12세기 초 이븐 투마르트(Ibn Tumart)라는 베르베르 출신의 종교 개혁가에 의해 창시된 무와히둔(al-Muwaḥḥidun) 운동에서 시작되었다. 이븐 투마르트는 당시 알모라비드 왕조의 통치를 비판하며 꾸란과 순나에 입각한 엄격한 유일신 신앙(타우히드, Tawhid)으로의 회귀를 주창했다. 그의 사상은 마스무다(Masamuda) 베르베르족 사이에서 빠르게 확산되었고, 그의 제자인 압둘 무민(Abd al-Mu'min)이 1130년 이븐 투마르트의 사망 이후 정치적, 군사적 지도자가 되어 세력을 확장했다.
압둘 무민은 1147년 알모라비드 왕조의 수도였던 마라케시(Marrakech)를 점령하고 무와히드 칼리파국을 선포하며 스스로 칼리파의 칭호를 사용했다. 이후 그는 북아프리카 전역을 정복하고 이베리아 반도로 진출하여 알모라비드 왕조의 영토였던 알안달루스 지역까지 장악했다. 무와히드 칼리파국은 스페인의 세비야(Seville)와 코르도바(Cordoba) 등 주요 도시들을 통치하며 북아프리카와 이베리아 반도에 걸쳐 광대한 제국을 건설했다.
초기에는 엄격한 종교적 교리를 바탕으로 한 문화적 통제가 이루어졌으나, 후기에 이르러서는 학문과 예술을 장려하기도 했다. 건축 분야에서는 세비야의 히랄다 탑(Giralda)이나 마라케시의 쿠투비아 모스크(Koutoubia Mosque)와 같은 웅장한 건축물들이 건설되었다.
그러나 무와히드 칼리파국은 13세기 초부터 쇠퇴의 길을 걷기 시작했다. 1212년 라스 나바스 데 톨로사(Las Navas de Tolosa) 전투에서 이베리아 반도의 기독교 연합군에게 결정적인 패배를 당하면서 알안달루스에서의 지배력이 약화되었다. 이후 북아프리카에서는 하프스 왕조(Hafsid dynasty)와 마리니드 왕조(Marinid dynasty) 같은 새로운 베르베르 세력들이 부상하며 무와히드 칼리파국의 영토를 잠식하기 시작했다. 결국 1269년, 마리니드 왕조가 마라케시를 점령하면서 무와히드 칼리파국은 완전히 멸망했다.